生信星球Day6 conda

今日学习内容：

1. 了解conda
2. 下载和安装miniconda
3. 下载个软件看看

conda

conda是linux的软件商店

minconda包含了Python和conda，可用于生信使用

装载miniconda

1. 下载 搜索“miniconda 清华”，找到镜像网站 查询服务器版本：uname -a 复制最新版本的链接 回到服务器：先cd biosoft，再wget 链接
2. 安装 根据最新版本的文件名 bash Miniconda3-py39_23.5.2-0-Linux-x86_64.sh
3. 激活 source ~/.bashrc 测试：输入conda
4. 添加中科大的镜像

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

安装和卸载软件

conda list 查看软件列表

conda install fastqc -y 安装软件fastqc （-y是yes，指安装过程中conda问你的问题全部回答yes）

（如果需要用到老版本，可以conda install fastqc=0.11.7 -y）

fastqc --help 查看fastqc的帮助文档

conda remove fastqc -y 卸载fastqc