基因功能分析——Gene functional analysis
原创基因功能分析——Gene functional analysis
原创
KEGG 数据库简介
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因与基因组百科全书）是一个数据库资源，用于从分子水平的信息，了解生物系统（如细胞、生物体和生态系统）的高层次功能和效用。
KEGG 核心数据库—— KEGG pathway简介
KEGG pathway是以KEGG Orthology (KO) groups为基础绘制的分子相互作用/反应网络图示。 其中KEGG Orthology (KO)为直系同源系统。KO号是基因家族的编号。代表功能已知的基因和他们的同源基因，在不同物种中的编号相同。
KEGG 通路图包含了不同的层次，如基因、酶和反应水平。KEGG 通路图既有总揽全局（从基因到反应水平）的图（map），也有基因（ko）、酶（ec）和反应（rn）特异水平的图。
通路分型（前缀不同） | 解释 | 其它 |
|---|---|---|
map - Reference pathway | 总揽全局的图。在代谢相关通路中，方框所链接内容对应基因、基因编码的酶、酶的底物。非代谢相关通路中，方框对应基因。 | 手动绘制 |
ko - Reference pathway highlighting KO | 方框所链接内容只对应基因。着色为蓝色。 | 计算生成 |
ec - Reference pathway highlighting EC | 方框所链接内容只对应酶。 着色为蓝色 | 计算生成 |
rn - Reference pathway highlighting Reaction | 方框所链接内容只对应反应。着色为蓝色。 | 计算生成 |
org - Organism-specific pathway map | 物种特异性通路图，方框所链接内容的编号由KO编号转换而来，只对应该物种的基因信息。着色为绿色，如果没有填充色代表该物种缺乏该基因。 | 计算生成 |
KEGG pathway 解读
pathway 中的图形对象及其关系
方框 - 代表同源基因组（可以包含一个或多个K编码），或者在代谢图中代表反应（由R号码标识）。
圆圈 - 其他分子，通常是由C号码标识的化合物，也包括由G号码标识的糖类。详见下图：
原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
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