从bam文件到TPM file
原创从bam文件到TPM file
原创
JJJJack
发布于 2023-07-26 22:29:58
发布于 2023-07-26 22:29:58
昨天试着从raw counts 转换到TPM, 之前一直run的比较好的工具rnanorm突然不能用了，可能和最近单位的Linux系统升级相关。。。总之搞了好久也没能解决。
重新找了一些tool, 发现TPMCalculator这款tool还不错，也很简单。在这里贴出来和大家分享。
定义两个变量
genegtf=/data/referencegenome/genes.gtf
TPMCalculator=/data/software/TPMCalculator
TPMCalculator -v -g $genegtf -b *.bam -q 255
得到的文件有一个以.out结尾的就是最后的结果，当然也可以查看一下其他两个文件，可以加深自己对于tpm的理解。
贴上这款tool的文章链接https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty896
原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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