生信星球学习小组Day3-linux环境下的软件安装 Jerry

今天是学习小组学习的第3天，主要是学习了解linux如何安装软件

1. conda--“linux的应用商店”

Miniconda是最方便快捷的软件下载和管理器，相当于应用商店，大多软件都能搜到，一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可。学习linux要丢弃之前的图形界面思维

来自微信公众号生信星球

2. 下载安装miniconda

进入清华镜像下载网址安装miniconda -> 查看服务器多少位 -> 安装最新版本 -> 复制下载连接用wget命令下载

「for Windows」鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 安装 enter和yes继续

source ~/.bashrc来激活conda 输入conda出现满屏信息则成功

添加镜像

3. 使用conda

a. 查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list

b. 安装软件 conda install fastqc -y

c.确认fastqc软件是否安装成功

输入fastqc --help，出现软件帮助文档文字则说明安装成功

卸载软件 conda remove fastqc -y，这个命令不一定能成功，是因为练习服务器比较弱

4.conda中的环境

生信实战中不用项目需要不同软件，软件之间结合也需要版本要求；此时就需要不同的环境处理工作安装不同软件

conda info --envs  #先查看当前conda有哪些环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y  
#建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
conda info --envs  #查看当前新增环境，发现还是默认base
conda activate rna-seq  #激活环境，这时默认的*就会转移到rna-seq前面，用户名root前面出现了(rna-seq)
fastqc #出现帮助信息说明可用
conda deactivate #退出当前环境