获得基因组后可以进行的主要比较分析之一是可视化与密切相关物种的同线性。基因组的许多特征可以通过良好的点图轻松突出显示。可以从这些点图中识别结构变化,例如倒置、删除、重复和插入。
基因组点图(Genome Dot Plot)是一种用于比较两个或多个基因组的工具。它通过在一个二维矩阵中绘制基因组序列的相似性来显示基因组之间的相对关系。点图中的每个点代表一个基因组中的一段序列,而整个图像则反映了序列之间的相似性和差异性。
您将需要两个基因组来生成点图。更高质量,最好是在染色体水平上的“参考”基因组(也称为目标基因组)和您的基因组(支架或重叠群都可以,但染色体是理想的),称为查询基因组。
minimap2 -x asm5 -t 36 ref.fa query.fa > result_minimap2.paf
# ref.fa 参考基因组
# query.fa 查询基因组
对于点图,我们将使用 dotPlotly。还有一个 R Shiny 应用程序,但可以绘制的文件大小有限制。而且,如果你上传像玉米对齐这样的复杂文件,它会非常缓慢,并且交互能力将无法使用。因此,我们将下载脚本并在本地运行它们以生成静态点图。
git clone https://github.com/tpoorten/dotPlotly.git
./dotPlotly/pafCoordsDotPlotly.R \
-i result_minimap2.paf \
-o ctg \
-s -t -l