Day04 生信马拉松-函数与R packages

1.认识函数

1.1 函数的参数

对具体函数的参数认识

1.2 默认参数

函数作者可以为参数设置默认值,不是所有参数都要出现在代码里,没写的都为默认值

补充知识 Plot绘图函数

分割画板:par(mfrow = c(2,2)) 把画板分成四块，两行两列

#如果报错，把右下角画板拉大一点即可

1.3 编写函数的函数

当一个代码需要复制粘贴多次，就应该写成函数或使用循环,减少人为错误

2.R packages

2.1 认识R packages

2.1.1 定义: 多个函数的打包存放，包含函数、数据、帮助文件、描述文件等

2.2.2 用途: 特定的分析功能，需要用相应的packages实现

需要学会的是R包的使用规律,并非某个R包的具体用法

2.2 R packages的安装

2.2.1 镜像的设置

• 镜像的作用是加快访问速度 1.CRAN的镜像设置:options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) 2.Bioconductor的镜像设置:options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")常用镜像

# 清华镜像 
http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/
# 中科大镜像
http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/

2.2.2 不同来源packages的安装

1.来源于CRAN:install.packages("tidyr")

2.来源于Bioconductor

install.packages('BiocManager') #安装Bioconductor来源必须先安装的包
BiocManager::install("ggplot2") 

3.来源于Github--括号里写作者用户名加包名

install.packages('devtools') #安装Github来源必须先安装的包
devtools::install_github("jmzeng1314/idmap1") 

2.3 R packages的加载

方法一:library(tidyr)

方法二:require(tidyr)

加载packages没有erro是检验安装成功的唯一标准

方法三:不确定有没有某个packages,分情况讨论

if(!require(stringr))install.packages("stringr")

if()里面逻辑是F则跳过后面的代码，T则运行后面的代码

已经安装的包可以用::快速调用里面的函数,e.ppheatmap::pheatmap(volcano)

2.4 R packages的常见问题

2.4.1 package not available

原因1:包名写错

原因2:安装命令使用错误

原因3:本机的R语音版本与包所要求的版本不符（极少）

原因4:包过时被剔除了

2.4.2 是否需要更新

能不更新就不更新,除非一直报错

不想回答-安装命令加参数 update = F, ask = F

2.4.3 加载A包,erro B包不存在--先安装B包

2.4.4 依赖包版本不够新

2.4.5 not writable / permission denied--权限问题,管理员重新运行Rstudio

not writable

permission denied

3.帮助的获取

3.1 函数帮助的获取,e.p?seq

如果数据中包含NA,它在什么数据中就属于什么类型的数据

3.2 packages帮助的获取,e.p?stringr

3.3 浏览Package作者的在线教程browseVignettes("stringr")

不一定每个作者都会写

3.4 罗列指定packages中的所有函数ls("package:stringr")

3.5 罗列环境中的所有变量ls()

以上内容均引用自生信技能树