Day05 生信马拉松-文件的读写

1. 文件的读取

1.1 R能读取的文件格式

1.2 .txt文件的读取

常见错误:read.table("ex1.txt"), read.table函数默认header = F,因此会自动加列名"V1","V2"，会导致所在列数据格式变化

正确使用:read.table("ex1.txt",header = T)

发现问题要从函数的帮助文档里找参数解决

1.3 .csv文件的读取

常见错误:read.csv("ex2.csv"),直接使用read.csv()函数会出现以下错误

①列名分隔符"-"被改为"."

②第1列默认被添加列名"x"

正确使用:read.csv("ex2.csv",row.names = 1,check.names = F)

表格文件读入到R中就得到一个data.frame,在R中对data.frame的修改不会同步到表格

1.4 读取非工作目录下的文件

read.csv("import/gene.csv") import为工作目录下的子文件夹名，不要漏了“/”

拓展内容 在工作目录内创建一个文件夹dir.create("文件夹名")

1.5 读取上一级文件

load(../"文件名") "../"为上一级文件,可叠加

1.6 补充内容

1.6.1 数据框不允许重复的行名

解决方案：

①先不加row.names参数读取

②处理第1列重复值（去重、均值、合并为一行等）

③将第1列设为行名

1.6.2 数据框列中数据缺失

错误解决方式soft <- read.table("soft.txt",header = T,fill = T),会出现原有确实数据位置的错列

正确使用:soft2 <- read.table("soft.txt",header = T,sep = "\t")

1.6.3 数据框内容速览

行数列数查询dim(soft)

行列名查询colnames(soft); rownames(soft)

2. 文件的导出

2.1 csv文件的导出write.csv(soft,file = "soft.csv")

2.2 txt文件的导出write.table(soft,file = "soft.txt")

2.3 Rdata文件的导出save(soft,file = "soft.Rdata")

★“读取—编辑修改—导出” 切记不可覆盖原文件！！ 导出的文件格式由函数决定，与文件后缀无关 file =不可以省略

3. 用于文件的读取/导出的packages

3.1 data.table:soft = data.table::fread("soft.txt",data.table = F)每次要默认标注“data.table = F

3.2 rio包的使用

library(rio)
#读取 import的文件必须要写对后缀
soft = import("soft.txt")
#读取多工作簿的excel
ls2 = rio::import_list("ls.xlsx")
#导出为普通表格文件  导出的文件类型取决于后缀名
export(iris,file = "iris.csv")
#导出列表
ls = split(iris,iris$Species)
export(ls,file = "ls.xlsx")

以上内容均引用自生信技能树