生信DAY7
原创
- 测序的基础知识
- 第一代测序——桑格尔-双脱氧链终止法是最为经典的一代测序技术，至今仍是测序行业的金标准。
- 第二代测序——第二代DNA测序技术(next generation sequencing，NGS )-循环阵列合成测序法。
- 第三代测序——以PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore Technologies 的纳米孔单分子测序技术为标志，不需要经过PCR扩增，超长读长，可达二代测序的100倍以上，实现了对每一条DNA分子的单独测序。错误率比二代要高，达到10-15%。
- 名词结构化
- 基因组学（核酸序列分析）
- 全基因组测序（WGS)
- 全外显子组测序（WES）
- 简化基因组测序（RRGS）
- 作用
- 基因组作图（遗传图谱、物理图谱、转录本图谱）
- 核苷酸序列分析
- 基因定位
- 基因功能分析
- 转录组学（基因表达分析）
- mRNA-Seq
- IncRNA-Seq（长链非编码RNA）
- sRNA-Seq（主要是miRNA-Seq）
- 作用
- 获得物种或者组织的转录本信息
- 得到转录本上基因的相关信息，如基因结构功能等
- 发现新的基因
- 基因结构优化
- 发现可变剪切
- 发现基因融合
- 基因表达差异分析
- 蛋白质组学
- 蛋白质组数据处理、蛋白及其修饰鉴定
- 构建蛋白质数据库、相关软件的开发和应用
- 蛋白质结构功能预测
- 蛋白质连锁图
- 代谢组学
- 代谢物指纹分析
- 代谢轮廓分析
- 基因组学（核酸序列分析）
- 常用的数据格式
- DNA序列表征
- Fastq
- 一种基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的标准格式,一般都包含有4行。
- 第一行：由‘@’开始，后面跟着序列ID和可选的描述，序列ID是唯一的；
- 第二行：碱基序列；
- 第三行：由‘+’开始，后面是序列的描述信息；
- 第四行：第二行序列的质量评价(quality value)。
- Fasta
- 以“>”为开头，fasta格式标志。
- 序列ID号，gi号，NCBI数据库的标识符，具有唯一性。格式为：gi|gi号|来源标志|序列标志（接收号、名称等），若某项缺失可以留空，“|”保留。
- 序列描述。
- 碱基序列，序列中允许空格、换行、空行，一般一行60个。
- GenBank
- 以LOCUS和一些注释行开始，序列的开头以“ORIGIN”标记，末尾以“//”标记。
- EMBL
- 以标识符行（ID）开头，后面跟着更多注释行。序列的开头以“SQ”开头标记，序末尾以“//”标记。
原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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