plasmapR优雅的可视化质粒图谱

devtools::install_github("bradyajohnston/plasmapr")  # 安装plasmapR包

library(plasmapR)  # 载入plasmapR包
library(tidyverse)  # 载入tidyverse包

fl <- system.file('extdata', 'petm20.gb', package = "plasmapR")  

fl %>% read_gb() %>% plot_plasmid(name = "pETM-20")  # 读取.gb文件并绘制质粒图，指定名称为"pETM-20"

fl <- system.file('extdata', 'petm20.gb', package = "plasmapR")  # 获取文件路径

plasmid <- fl %>% read_gb()  # 读取.gb文件并将结果保存为plasmid对象
dat <- plasmid %>% as.data.frame()  # 将plasmid对象转换为数据框

dat[dat$type == "CDS", ] %>% 
  plot_plasmid(name = "pETM-20")  # 选择type为"CDS"的行数据并绘制质粒图，指定名称为"pETM-20"

fl <- system.file('extdata', '20.gb', package = "plasmapR")  # 获取文件路径

plt <- fl %>% read_gb() %>% 
  plot_plasmid()  # 读取.gb文件并绘制质粒图，结果保存为plt对象

plt + ggplot2::theme_bw() +
  theme(axis.text=element_blank(),
        axis.ticks = element_blank(),
        axis.title.x = element_blank(),
        axis.title.y = element_blank())  # 修改图表主题，隐藏轴标签和刻度