❝本节来介绍一款R包「plasmapR」提供解析和绘制.gb质粒文件的功能,一旦质粒以Genbank格式导出就可以对其进行解析和绘图。感兴趣的朋友欢迎分享转发,「更多详细内容请参考作者官方文档」 ❞
❝https://github.com/BradyAJohnston/plasmapR ❞
devtools::install_github("bradyajohnston/plasmapr") # 安装plasmapR包
library(plasmapR) # 载入plasmapR包
library(tidyverse) # 载入tidyverse包
fl <- system.file('extdata', 'petm20.gb', package = "plasmapR")
fl %>% read_gb() %>% plot_plasmid(name = "pETM-20") # 读取.gb文件并绘制质粒图,指定名称为"pETM-20"
fl <- system.file('extdata', 'petm20.gb', package = "plasmapR") # 获取文件路径
plasmid <- fl %>% read_gb() # 读取.gb文件并将结果保存为plasmid对象
dat <- plasmid %>% as.data.frame() # 将plasmid对象转换为数据框
dat[dat$type == "CDS", ] %>%
plot_plasmid(name = "pETM-20") # 选择type为"CDS"的行数据并绘制质粒图,指定名称为"pETM-20"
fl <- system.file('extdata', '20.gb', package = "plasmapR") # 获取文件路径
plt <- fl %>% read_gb() %>%
plot_plasmid() # 读取.gb文件并绘制质粒图,结果保存为plt对象
plt + ggplot2::theme_bw() +
theme(axis.text=element_blank(),
axis.ticks = element_blank(),
axis.title.x = element_blank(),
axis.title.y = element_blank()) # 修改图表主题,隐藏轴标签和刻度