ggplot2绘制热图标准化从0-1

R语言数据分析指南

发布于 2023-08-18 13:39:32

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发布于 2023-08-18 13:39:32

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❝最近有朋友询问绘制热图时如何使刻度条展示为从「0-1」，这就涉及对数据进行标准的特殊处理，通常对数据进行处理无外乎「取log」或者直接使用「scale()函数进行标准化」，但是要达到从「0-1」的效果这两种方法显然实现不了，因此需要自定义函数来对数据进行标准化处理。下面小编就通过一个案例来进行展示，希望各位观众老爷能够喜欢。 ❞

加载R包

library(tidyverse)
library(vegan)
devtools::install_github("thomasp85/scico")
library(scico)

导入数据

data("varechem")  # 导入varechem数据集，该数据集包含了生态学变量的测量数据

# 数据清洗
df <- varechem %>%  # 将varechem数据集赋值给df，并进行列的选择和删除
  select(1:14) %>%  # 选择第1到14列的数据
  select(-c(Humdepth,Baresoil))  # 删除Humdepth和Baresoil列的数据

使用Min-Max标准化方法对df进行归一化处理

df_normalized <- as.data.frame(apply(df, 2, function(x) (x - min(x)) / (max(x) - min(x))))

绘制标准化热图

varechem %>%  # 将varechem数据集进行操作
  rownames_to_column(var="id") %>%  # 将行名转为列名，并将该列名命名为id
  select(id) %>%  # 选择id列
  bind_cols(.,df_normalized) %>%  # 将id列和df_normalized数据框进行列绑定
  pivot_longer(-id) %>%  # 对数据进行长格式转换，id列保持不变
  ggplot(aes(name,id,fill=value))+  # 设置绘图的数据映射
  geom_tile()+  # 绘制瓷砖图
  labs(x=NULL,y=NULL)+  # 设置x和y轴标签为空
  scale_fill_scico(palette="vik")+  # 设置填充颜色的配色方案为"vik"
  scale_y_discrete(expand=c(0,0),position = 'left')+  # 设置y轴为离散型，并将标签显示在左侧
  scale_x_discrete(expand=c(0,0))+  # 设置x轴为离散型
  theme(plot.background = element_blank(),  # 设置绘图的背景为空白
        panel.background = element_blank(),  # 设置面板的背景为空白
        axis.text=element_text(color="black",size=8),  # 设置坐标轴文本的颜色为黑色，大小为8
        axis.ticks = element_blank(),  # 设置坐标轴刻度为空白
        legend.background = element_blank(),  # 设置图例的背景为空白
        legend.text = element_text(color="black"),  # 设置图例文本的颜色为黑色
        legend.title = element_blank(),  # 设置图例标题为空白
        legend.spacing.x = unit(0.1,"cm"))+  # 设置图例水平间距为0.1厘米
          guides(fill=guide_colorbar(direction="vertical",reverse=F,barwidth=unit(.5,"cm"),barheight=unit(11,"cm")))