单细胞不同格式数据转换——sceasy包

生信菜鸟团

发布于 2023-08-23 09:09:02

1.5K0

发布于 2023-08-23 09:09:02

文章被收录于专栏：生信菜鸟团生信菜鸟团

❝之前曾老师给我分享了一个sceasy包，这周有时间去看了一下，这个数据格式转换是怎么用的，用起来方便吗？尤其是scanpy和seurat之间的数据转换经常会比较麻烦，而这个包恰恰用一行代码即可搞定。 ❞

github包网址：https://github.com/cellgeni/sceasy

h5ad——seurat obejct 常规格式转换

remotes::install_github("mojaveazure/seurat-disk")
library(SeuratDisk)

 Convert("filename.h5ad", dest="h5seurat",
         assay = "RNA",
         overwrite=F)
h5_object <- LoadH5Seurat("filename.h5seurat")

所需配置的环境

conda create -n sceasy
conda activate sceasy
conda install anndata==0.6.19 scipy==1.2.1 -c bioconda
conda install loompy -c bioconda

安装所需的R包

library(Seurat)
library(hdf5r)

devtools::install_github("cellgeni/sceasy")
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")

BiocManager::install(c("LoomExperiment", "SingleCellExperiment"))
install.packages('reticulate')
reticulate:::find_conda()

library(sceasy)
library(reticulate)
use_condaenv('sceasy')
loompy <- reticulate::import('loompy')

不同格式单细胞数据转换

#导入数据
seurat_object=readRDS("sce.all_int.rds")

#Seurat to AnnData
sceasy::convertFormat(seurat_object, from="seurat", to="anndata",
                      outFile='filename.h5ad')
#Seurat to SingleCellExperiment

sceasy::convertFormat(seurat_object, from="seurat", to="sce",
                      outFile='filename.rds')

其他数据格式

可以用自己的数据来试一下。

#AnnData to Seurat
sceasy::convertFormat(h5ad_file, from="anndata", to="seurat",
                      outFile='filename.rds')

#SingleCellExperiment to AnnData

sceasy::convertFormat(sce_object, from="sce", to="anndata",
                      outFile='filename.h5ad')
#SingleCellExperiment to Loom

sceasy::convertFormat(sce_object, from="sce", to="loom",
                      outFile='filename.loom')
#Loom to AnnData

sceasy::convertFormat('filename.loom', from="loom", to="anndata",
                      outFile='filename.h5ad')
#Loom to SingleCellExperiment

sceasy::convertFormat('filename.loom', from="loom", to="sce",
                      outFile='filename.rds')

❝我一开始的时候忘了没有配置好环境，而直接安装sceasy，因此在use_condaenv('sceasy')这步就出现了报错，【Error: Unable to find conda binary. Is Anaconda installed?】所以一定要配置好环境才能用！这个包还是挺方便实用的。 ❞

本文参与腾讯云自媒体分享计划，分享自微信公众号。

原始发表：2023-08-17，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

conda