2023-07月的马拉松在线互动授课答疑精选

生信技能树jimmy

发布于 2023-08-31 11:12:57

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发布于 2023-08-31 11:12:57

文章被收录于专栏：单细胞天地

上一期的答疑互动也是彩蛋多多，现在整理完毕马不停蹄的分享给大家。接下来的8月7号就是最新一期的直播互动授课啦，有需要的朋友赶快上车哈：

下面是优秀实习生的整理和分享

Q1：Rstudio网页版应该也可以吧，我自己电脑配置够，但是安装R包的时候，有几个一直安装不上

建议先用本地的，网页版虽然说登陆也是同样的使用方式，但是一般来说都是Linux系统底层架构，很多包安装使用会有细微差异。

Q2：请教一下大家，大家的R包安装位置是C盘还是其他盘？

默认在C盘，可以自行修改。建议初学者先都放在C盘

Q3：请教一下有看到文章在做network analysis，想问下这部分内容和神经网络有关吗，还是说这是两个不同的内容？

两个不同的东西哦，你说的是神经网络是算法，统计学的进阶，但是网络分析一般来说就是数据挖掘的一个小技巧而已

Q4：需要升级R吗？

不需要，你看到的上面的警告信息完全是可以忽略的哈

Q5：我用的是windows. 想问xshell+xftp 不是免费的对吗？官网试用期是30天

是免费的哦，从这里下载（https://www.xshell.com/zh/free-for-home-school/），但是我们课上用的是termius，如果你偏好xshell的组合也可以的。这个差别不大。

Q6：请问我的R包安装之后只有30个哎，视频里说安装后会有非常多的R包

不用担心，你的其他包安装在了别的位置，这不影响的，后续上课会讲。你一行行run之后，最后面library代码运行没有error就好了。包本来就是可以在你电脑的不同路径，到时候第四天授课你就清晰了这些知识点

Q7：请问一下后期是会给大家提供服务器练习吗？

第三周给大家发账号密码，现在不着急哈，前面的两个星期先掌握r。

Q8：如果安装R包出现warning，需要如何处理呢？比如它提示”程辑包是用R版本4.2.3 来建造的“，我安装的是4.2.2，需要换到4.2.3版本吗？

warning不用管他，R语言就是爱逼逼而已，没有error就好了

Q9：老师，为啥安装R script会有这样的报错呢

这个没关系，是因为你的电脑里面没有Python，不影响我们学习r语言

Q10：这个问题怎么解决呀

显示不存在这个包，就安装这个包~

BiocManager::install("mvtnorm")，正式的包都是可以通过BiocManager::install来安装哦，如果是github等其它来源的就另说。

Q11：请教一下这个需要升级吗

Ignore 即可。

Q12：这个如何选择？

选 n 即可。

Q13：请问一下笔记怎么记录比较好呀？有点不知道写在哪里的感觉。

有很多在线的或者本地的支持markdown的工具，本地的比如obsidian，这个可玩性非常高，并且数据都是保存在你的本地的。结合坚果云或者onedrive体验还不错的，在线的就有很多了，比如有道云笔记，比如石墨笔记，印象笔记，wolai，等等等等

Q14：下载的R包好像都在C盘，能不能修改默认安装目录在其他盘？

当然可以，运行命令：.libPaths()，显示当前R包的安装路径列表。

Q15：我想请问这个路径不可写入该怎么解决呢

鼠标右键 Rstudio，管理员打开应该是就可以

Q16：这里是否需要指定路径呀？

不用。但是提示缺了preproxxx，你要安装一下

Q17：这个报错是为什么啊

这个问题忽略它，不影响你使用

Q18：出现这个WARNING是不用管吗

你能读懂这个warning吗？因为两个变量不等长，导致这个warning。一般不用管

Q19：这种情况该怎么解决啊，我只有这个包安装不上？

这个包已经被取消了，可以忽略它。

Q20：还有三个包是不存在的，这样也是正常的吗？

这不是正常的~ 你把这几个包装上就好~

Q21：IGV 用在windows一般选哪种啊，带java的还是不带的，或者适用于全平台的

安装第一个即可。

Q22：我在读取我自己的数据时候，出现一个报错

你的Excel可能是不规则的，转为csv读取。

Q23：请问安这个包就出现这些乱码怎么解决

换个网络环境试试。

Q24：不同Rproj间安装的r包是通用的吗？

同一个电脑的都是通用的。

Q25：我运行了pca_plot这行代码，但是一直不出PCA图，也没有报错请问是怎么一回事，运行之后的代码热图都是正常出图的

图片保存为变量了，pca_plot 变量就是图片，你运行一下。

这句代码的作用，就是画图并把图片赋值为变量

Q26：我想同时给pd中title这一列里面凡是含有“MM”"Nomal"的行取子集，这么写就报错了，我举一反三没举明白。老师，我这个应该怎么写呀？

多写了c。

Q27：我的工作目录下明明有GSE42872，它为什么没有读取本地的文件呢？

仔细看，你的两个文件，一个解压了，一个没有解压，它只能读取没有解压的。

Q28：用这行代码算出来的logFc是直接按照从小到大的顺序排列的吗？

教你一个函数，identical()，查一下帮助文档就会用了。你可以自己给logfc排一下顺序，然后用这个函数判断排序前后的结果是否一致，这样就可以验证了。发现问题的眼睛和解决问题的能力同样重要，慢慢练出来。

Q29：这个指令是错的吧

有没有可能，<env> 和 <file> 的地方是需要自己根据实际情况去填写的。

比如conda create --name rna --file rna.env.txt

Q30：我在安装R语言软件包的时候出现了这样的报错，该怎么解决呢?

那就用R的方式去安装吧。

Q31：老师，这个2是要输什么继续啊?

这个包名字你写错啦。R包的名字大小写是敏感的。你按照2提示你的去安装哦

Q32：老师，想请教一下问题出在哪里

warning后面有个error，复制下来搜一下。

Q33：老师，这个说没发现是哪步有问题啊？我之前安过trim-galore

你应该装在了base环境里，刚刚是在rna环境调用的，不是一个环境，所以调用不到。在rna环境重新装一个就好了。

Q34：我在安装GenomeInfoDb的时候，里面有个error，之前也出现过，请问这个要怎么解决呀

网络问题，你没有设置镜像。

options("repos"= c(CRAN="https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="http://mirrors.bfsu.edu.cn/bioconductor/")
BiocManager::install("xxx")

Q35：我在国外，使用服务器我需要设置镜像吗

需要，你操作的服务器是在中国大陆。

Q36：请问这个报错怎么处理呢？

你的这个文件损坏了或者不完整，序列行和质量行长度不一致。

Q37：使用salmon建索引的时候报了这个，搜索了一下好像是访问内存越界应该怎么处理呀？报错和日志信息如下

是内存问题，学会构建索引这个操作即可。

Q38：跟着RNA-Seq-Analysis-Pipline-Up_new.md 的大纲运行命令，在第4节数据比对的4.2课后作业“从gff或者gft文件中获取基因的ID与symbol对应关系”中，直接运行命令提示权限不足，把> protein_coding_id2name.xls改为| less -SN 可以输出结果，请问为什么生成一个文件会权限不足，怎么解决呢？

我分别运行了：

把老师的GRCh38.104链接到自己目录中的database文件夹 ln -s /home/t_rna/database/GRCh38.104 ~/database/GRCh38.104
直接运行命令提示权限不足

命令> protein_coding_id2name.xls改为| less -SN 可以输出结果

4. 查看链接的GRCh38.104文件夹下Homo_sapiens.GRCh38.104.chr.gtf.gz有可读权限

答：表扬一下，提问方式很正确。你这里的报错是因为文件夹是你从服务器其他路径软链接过来的，该路径你没有写入权限。

Q39：我在接着运行4.3比对:hisat2中，构建索引这一步运行后提示将索引写入磁盘时出错，请问为什么呢

构建索引这一步，学会怎么操作即可，服务器有构建好的，所以不需要重复构建。上课的服务器仅供练习，每个人的磁盘空间都是有限的，你报错提示信息是磁盘空间满了，用 quota -uvs 查看自己的磁盘空间。df -h 查看的是服务器总的磁盘空间占用情况，但是每个用户还有一层限制，就是 quota -uvs 查看到的结果。