🤩 GeSciLiVis | 想知道你感兴趣的基因有多少人在研究吗！？用这个包来解决吧！！！~

生信漫卷

发布于 2023-09-04 15:14:49

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发布于 2023-09-04 15:14:49

文章被收录于专栏：R语言及实用科研软件

1写在前面

天气好热啊，我这里还下着大暴雨！~😥

不知道各位小伙伴那里的温度怎么样，端午临近，各位有假期吗！？😘

换组后工作轻松了不少，也有时间做点自己的事情了。🤪

欢迎各位小伙伴后台提问，推荐想看的教程等等！~😘

今天分享一个极大提高效率的R包，GeSciLiVis包。☺️

毕竟工欲善其事，必先利其器，好的工具可以极大地提高效率，降低你的疲劳感，哈哈哈哈哈哈哈。🥳

2用到的包

rm(list = ls())
library(tidyverse)
library(GeSciLiVis)

3函数展示

GeSciLiVis基于基因列表和用户定义的关键词，利用Pubmed检索来可视化每个基因的发文情况。😘

主要提供了三个函数：👇

1️⃣ human_official_gene_names，可以查看目前截止2023年2月5日HGNC中收录的人的官方基因名。🤪

2️⃣ mouse_official_gene_names, 可以查看目前截止2023年2月5日HGNC中收录的小鼠的官方基因名。😋

3️⃣ pub_activity_plot，可视化目的基因的发文情况。😷

pub_activity_plot(
g_list,
k_list,
species = "mouse",
output_dir = "output",
use_preloaded_gene_names=T,
show_progressbar = F
)

4函数一：human_official_gene_names

这个函数可以查看目前的人类官方基因名，建议大家从这里面用$提取去检索哦。🤒

DT::datatable(human_official_gene_names)

5函数二：mouse_official_gene_name

同样的，如果你研究的是小鼠可以看这个数据集。🐁

DT::datatable(mouse_official_gene_names)

6函数三：pub_activity_plot

6.1 示例一

我们先建几个关键词，就三种细胞吧。😅

keyword_list <- c("mesenchymal stem cell", "Endothelial cell", "Adipocytes")

接着是一些我们感兴趣的基因。🥸

gene_list_mouse <- c("Cxcl12", "Fos", "Lect1", "Lepr", "Vcam1", "Fosb")


pub_activity_plot(g_list = gene_list_mouse, k_list = keyword_list, 
                  species = "mouse", output_dir="output", 
                  use_preloaded_gene_names=T)

6.2 示例二

再观察一下这些基因在人类mesenchymal stem cell, Endothelial cell和Adipocytes中的发文情况吧。

gene_list_human = c("LEPR", "KITL", "OSMR", "IL1RN", "FGF2", "COL2A1")

pub_activity_plot(gene_list_human, keyword_list, 
                  "human", output_dir="output", 
                  use_preloaded_gene_names=T)