GEPI | 一种用于从科学生物医学文献中大规模挖掘分子相互作用的新型Web工具

DoubleHelix

发布于 2023-09-06 10:05:21

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发布于 2023-09-06 10:05:21

GEPI，一个新颖的 Web 服务器，用于从科学生物医学文献中大规模挖掘分子相互作用的文本。GEPI 利用自然语言处理技术来识别基因和相关实体、这些实体之间的相互作用以及涉及它们的生物分子事件。GEPI 支持基于强大搜索选项的交互快速检索，以将针对感兴趣基因的查询上下文献。上下文献是通过全文过滤器来实现的，它将搜索限制在句子或段落之间，不管有没有预定义的基因列表。我们的知识图表每周更新几次，以确保随时提供最新信息。搜索结果页面提供了搜索结果的概述，并附有交互统计数据和可视化。一个表(可以下载 Excel 格式)可以直接访问检索到的相互作用对，以及关于分子实体的信息，相互作用的事实确定性(作者逐字逐句地表达) ，以及来自原始文档的用语言表述每个相互作用的文本片段。总之，我们的 Web 应用程序提供了免费的、易于使用的、最新的基因和蛋白质相互作用信息的监控，同时还提供了灵活的查询制定和过滤选项。

地址：https://GEPI.coling.uni-jena.de/。

文献：Erik Faessler and others, GEPI: large-scale text mining, customized retrieval and flexible filtering of gene/protein interactions, Nucleic Acids Research, 2023;, gkad445, https://doi.org/10.1093/nar/gkad445

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原始发表：2023-07-03，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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