GWAS中曼哈顿图如何显示snp的信息

邓飞

发布于 2023-09-06 10:52:33

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发布于 2023-09-06 10:52:33

文章被收录于专栏：育种数据分析之放飞自我育种数据分析之放飞自我

今天介绍一下曼哈顿图如何打印出SNP的名称，类似这样的：

1. 软件包 `qqman` 下载

在CRAN中下载：

 install.packages("qqman")

2. 导出示例数据

# qqman
library(qqman)

data("gwasResults")

dat = gwasResults
head(dat)

3. 示例曼哈顿图

manhattan(dat)

4. 打印显著性的SNP名称

这里，参数：annotatePval，注意，这里的值，不是-log10转化的，而是原始的p值，比如，这里，我们想打印1e-8的snp名称，默认一个染色体只显示一个snp名称：

manhattan(dat,annotatePval = 1e-8)

如果我们想把所有的符合条件的snp名称都显示出来，增加参数：annotateTop = F

snp如果很多的话，就遮盖了。

manhattan(dat,annotatePval = 1e-7,annotateTop = F)

设置p值为1e-3，看一下效果：

manhattan(dat,annotatePval = 1e-3,annotateTop = F)

在这里插入图片描述

5. 指定特定的snp名称，高亮

比如我们选择每条染色体p值最小的snp，首先筛选，这里用tidyverse来处理：

library(tidyverse)
head(dat)
snp_id = dat %>% group_by(CHR) %>% slice_min(P) %>% ungroup %>% select(SNP) 
snp_id


manhattan(dat,highlight = snp_id$SNP)

挑选的snp：

在这里插入图片描述

将挑选的snp高亮：

这就算搞定了。

代码汇总：

## 曼哈顿图如何显示snp的名称

# qqman
library(qqman)

data("gwasResults")

dat = gwasResults
head(dat)


manhattan(dat)
manhattan(dat,annotatePval = 1e-8)
manhattan(dat,annotatePval = 1e-7,annotateTop = F)

manhattan(dat,annotatePval = 1e-3,annotateTop = F)


library(tidyverse)
head(dat)
snp_id = dat %>% group_by(CHR) %>% slice_min(P) %>% ungroup %>% select(SNP) 
snp_id


manhattan(dat,highlight = snp_id$SNP)

其它需求，可以参考函数的说明文档。

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原始发表：2023-07-12，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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