GWAS分析后如何确定哪个基因型与表型正相关？

我一直不知道，这也是一个问题，直到一位老师问了这个问题，我才发觉，这才是最重要的问题：

最重要的问题：GWAS分析得到的显著性位点如何利用？？？

比如得到了一个显著性位点，突变类型是AT，也就是有三种基因型：AA，TT，AT三种，这个位点与表型高度相关，得到GWAS结果，哪个位点是与表型正相关的，换句话说：AA，AT，TT哪个表型值是最高的？

比如上面的GWAS分析结果，一般我们将REF作为主等位基因，ALT是次等位基因。

第一个位点中：T是主等位，A是次等位，Effect是斜率，为0.323，对应的GWAS图如下：

所以，AA的分型平均值最高，AT齐次，TT最小。

第二个位点中：C是主等位，T是次等位，Effect是斜率，为-0.233，对应的GWAS图如下：

所以，斜率为负的话，主等位基因CC最高，CT齐次，TT最小。

所以，这到底有什么用呢？

分子标记辅助育种呀！！！这些位点挑选想要的基因型，要高的就挑选高的，要低的就挑选低的，这些GWAS位点就有用处了！

什么，基因怎么应用，也是一样的道理。