R语言学习

1.warning不影响，error是报错。

2.一般不更新R包，容易报错。

3.cannot open the connection是网络问题。

4.安装R包的代码是install.packages（"xxx"）和BiocManager::install("GEOquery")。

5.Rstudio分为四个模块：脚本编辑框 环境历史 控制台 文件画板 包。

6.GEO中expression profiling 是转录组测序，high throughput sequencing是高通量测序（二代测序）。

7.?getGE是查看函数的指令。example可以参照。

8.GSE是整体数据集的编号 GSM是每个样本的编号 GPL是平台号 GDS是多个GSE

9.gset = getGEO(GEO='GSE12417', destdir=".",getGPL = F) destdir="."保存到当前路径用.

getwd()查看当前路径

setwd(" ")是设置工作路径 路径都是/这种斜杠

getGPL = F是不下载GPL信息。

10.每次打开Rstudio用R包 都要先加载。

11.ctrl+f是网页对应的搜索键。

12.转录组测序测的是mRNA。包括前体和成熟的rna。第一行样本名 第一列是基因。

0维是点 是元素

1维是线 是向量

2维是面 是数据框

13、向量vectors 矩阵，数组，数据框，列表

14.数据类型 数值型 字符型 逻辑型 因子型

15.使用c（）来创建向量，向量具有有序性，单个向量数据类型相同。数值型转字符型

16.涉及字符要加引号

17.library一般不加引号

18.c可以创建向量或列表

数据框按照列的方式排列

19.a1=c[3,c(1，2)]提取第三行一二列 a1[3,] a 美元符号第二列名称

20.b[c(2,4)]在b向量里提取2和4元素。

21.构造数据框的函数a=data.frame()。

22.

第四行说明其是芯片数据。

at是探针 引物不特异导致了一个ID对应多个基因。

phenodata 中data临床数据和expr表达矩阵很重要。