ggplot2绘制半透明云雨图

install.packages("pacman")
pacman::p_load(tidyverse,ggtext,camcorder,scales,ggsci,ggdist,gghalves)

df <- read_tsv("data.tsv")

spam <- df %>% mutate(yesno = ifelse(yesno == 'y', "Yes", "No")) %>%
  pivot_longer(cols = -yesno, names_to = "category") 

spam %>%
  filter(value > 0, value < 3000) %>%  # 过滤数据，只保留value在0到3000之间的数据
  ggplot(aes(x = as_factor(yesno), y = value, color = yesno, fill = yesno)) +  # 创建ggplot图，设置x轴为yesno的因子，y轴为value，颜色和填充都基于yesno
  geom_boxplot(width = 0.2,fill  = "transparent",size  = 0.4,outlier.shape = NA) +  # 添加箱线图，设置宽度、填充颜色、线条大小和异常值形状
  geom_half_violin(alpha = 0.5, side = 'top')+  # 添加半小提琴图，设置透明度和显示的一侧
  geom_half_point(side  = "l",alpha = 0.1, size  = 0.6) +  # 添加半点图，设置显示的一侧、透明度和大小
  scale_x_discrete() +  # 设置x轴为离散刻度
  scale_y_log10() +  # 设置y轴为对数刻度
  scale_fill_npg() +  # 设置填充颜色
  scale_color_npg(guide = "none") +  # 设置颜色并隐藏图例
  coord_flip(clip = 'off') +  # 翻转坐标轴并关闭裁剪
  labs(x=NULL,y= "Number of events (log10 scale)") +  # 设置x轴和y轴的标签
  facet_wrap(~ category, scales = "free") +  # 按category分面显示，并允许每个面的刻度自由变化
  theme_minimal() +  # 使用简洁主题
  theme(  # 自定义主题设置
    plot.background = element_rect(fill = "white", color = "white"),  # 设置图背景颜色
    panel.background= element_rect(fill = "white", color = "white"),  # 设置面板背景颜色
    axis.ticks.y = element_blank(),  # 隐藏y轴刻度
    plot.margin= margin(t = 10, r = 10, b = 10, l = 10),  # 设置图边距
    axis.title.x= element_text(size = 10,face='bold',margin=margin(t=10)),  # 设置x轴标题样式
    axis.text = element_text(size = 10,color="black"),  # 设置轴文本样式
    axis.line.x = element_line(color = "black"),  # 设置x轴线条颜色
    panel.grid.major.y= element_line(linetype="dotted",linewidth=0.3,color='gray'),  # 设置y轴主要网格线样式
    panel.grid.minor.y= element_blank(),  # 隐藏y轴次要网格线
    panel.grid.major.x= element_blank(),  # 隐藏x轴主要网格线
    panel.grid.minor.x= element_blank(),  # 隐藏x轴次要网格线
    legend.position = "non",  # 设置图例位置
    strip.text= element_textbox(size= 10,face= 'bold',color= "grey20",  # 设置分面标题样式
                                hjust= 0.5,halign= 0.5,r= unit(5, "pt"),
                                width = unit(5.5, "npc"),
                                padding = margin(3, 0,3, 0),
                                margin= margin(1,1,1,1)),
    panel.spacing=unit(1,'lines')  # 设置面板间距
  )