使用 MobaXterm创建新文件时一定要注意这个问题！

今天同门遇到这么一个报错，她的samplelist文件里有6 行，如下

SRR14316550
SRR14316551
SRR14316552
SRR14316553
SRR14316554
SRR14316555

但在使用如下命令的时候输出却出现了问题

cat samplelist | while read id ; do echo "${id}_1.fastq.gz"; done

输出为

_1.fastq.gz
_1.fastq.gz
_1.fastq.gz
_1.fastq.gz
_1.fastq.gz

为什么没有输出${id}的内容呢?

1为什么会出现此问题？

经过一番检索我发现，在使用命令行时，如果samplelist文件中的文本使用了DOS换行符（\r\n），则可能会导致输出结果不正确。

只需要使用 dos2unix 命令将samplelist文件中的换行符转换为Unix格式，然后再运行命令即可。

dos2unix samplelist

在 Unix/Linux 系统中，文件中的文本行使用一个单独的换行符（\n）来标记行的结束。而在 DOS/Windows 操作系统中，每一行的末尾会有两个字符来表示换行：一个回车符（\r），一个换行符（\n）。

因此，在 Linux 系统中处理来自 Windows 系统的文件时，换行符可能会导致输出结果不正确。使用 dos2unix 命令可以将文件中的回车符(\r)去除，使行末只剩下Unix格式的换行符 (\n)， 这样在Linux上执行时就不会出现问题了。

2追根溯源

为了确定此问题出现的原因，我按照她的方法复现此问题。

首先她使用cat>samplelist创建文件samplelist。

创建完成后双击左侧的文件打开，直接在MobaTextEditor里编辑，并保存。

再查看samplelist的时候似乎看不出什么端倪，只有SRR1004出现在了用户名前面。

成功复现${id}无法输出的问题

根据我们前面的猜测，我们通过cat -A [Filename]来查看一下samplelist的换行符。

如上图所示，这是Windows形式的换行符， \r 对应符号 ^M ，\n 对应符号 $。

需要注意的是，使用vi编辑器的set list命令显示特殊字符是无法显示^M的，只有用vi的二进制模式（ vi -b [FileName] ）打开，才能够显示出 ^M。

3解决办法

1. 老老实实用 Linux 的办法创建新文件；
2. 使用dos2unix修改换行符。

4结语

MobaXterm 真的很方便，集成了编辑器、图形显示器、SFTP、进程监测等等，但我没想到也会因此致使报错，希望给使用 MobaXterm 的读者一个教训吧。