使用MAGeCK-VISPR生成CRISPR Screen分析流程
使用MAGeCK-VISPR生成CRISPR Screen分析流程
1- 背景介绍
刘小乐教授的CRISPR-Screen的分析工具除了MAGeCK之外，还有MAGeCK-VISPR 其实从名称看，我一度以为VISPR就只更加侧重于可视化，但当我实操的时候我发现其可以自动生成snakemake文件，实现分析的流程化。
今天就来说一说这自动生成的snakemake文件~
2- 软件说明书：
参考文件网页
liulab / mageck-vispr — Bitbucket
https://bitbucket.org/liulab/mageck-vispr/src/master/
还有教学视频MAGeCK-VISPR 2: Pipeline Configuration - YouTube
https://www.youtube.com/watch?v=3maSxhy1JL0
3- 软件安装
conda create -n mageck-vispr python=3.7
conda activate mageckenv
mamba install -c bioconda -c conda-forge mageck-vispr
4- mageck-vispr init 命令生成原始snakemake文件
4.1 下载&解压示例数据
示例数据链接：https://bitbucket.org/liulab/mageck-vispr/downloads/esc.testdata.step2.tar.bz2
解压
tar xvf esc.testdata.step2.tar.bz2
目录样式：
4.2 mageck-vispr init 的使用
# 示例代码
mageck-vispr init path/to/my/workflow --reads path/to/sample1.fastq path/to/sample2.fastq ...
看来需要先确定workflow 从教学视频看，最终目录结构如下
所以我这里的workflow是 ~/MAGeCK_VISPR_test/
# 修改后代码
cd ~/MAGeCK_VISPR_test/
mageck-vispr init ~/MAGeCK_VISPR_test --reads ~/MAGeCK_VISPR_test/esc-testdata/reads/ERR376998.subsample.fastq ~/MAGeCK_VISPR_test/esc-testdata/reads/ERR376999.subsample.fastq ~/MAGeCK_VISPR_test/esc-testdata/reads/ERR377000.subsample.fastq
运行结果：
在~/MAGeCK_VISPR_test/目录下生成了snakemake文件config.yaml
换了文件夹再运行了一次，发现旧文件没有被覆盖。
删了旧的，继续操作
5- 编辑config.yaml文件
vim config.yaml
5.1 修改library目录&物种
修改前
搜索文章信息
修改后 注意看上面给出的tree结果，library文件有显示。
（下图有错，报错示例）
library文件长这样：
5.2 修改样本分组
修改前
查数据分组，只有ERR376998是对照
修改后
5.3 选择分析策略
修改前
修改后
（下图有错，报错示例）
这个矩阵文件也在tree图中也有 rra方法需要我们提供分组信息 cat之后长这样
6- 检查&运行yaml文件
cd ~/MAGeCK_VISPR_test
snakemake -n
说我的文件不存在...
仔细观察作者原本给的yaml文件
猜测这边的library路径应该是以config.yaml文件为参照，提供相对位置就可以了。
顺带把类似的矩阵路径也修改了
修改之后还有报错 报错如下：
说我的day0 label...应该是和design matrix冲突了.. 注释掉
再次
snakemake -n
这下对了，能看到进程总览
运行snakemake文件
snakemake --cores 8
运行结束后的界面
7- 输出结果
8- 软件优势
1-能提供完整的pipeline文件，直观看到分析中使用的参数，方便参考和流程的整理
2-结合了snakemake的优势，批量操作便捷