生信入门DAY3分野-Linux安装软件

认识Bioconda

• conda是软件下载器，相当于App store
• 日常使用mini conda即可miniconda的下载

miniconda的下载

• 进入清华镜像网站，选择与服务器匹配的版本，复制链接后在服务器内粘贴运行。
• uname -a 可以查看服务器是多少位

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh (这是最新版64位miniconda的win链接)

minnicoda的安装

• 安装失败，不需要再次下载安装包，从这里开始重新安装即可
• bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh该指令回车运行
• 很多版权信息，按回车

（切记！按enter按慢点）

• 出现程序询问yes/no， 回答yes

此处是我安装时遇到的BUG，会在运行yes后出现跳Y的情况，原因是按回车太快了，没有看到程序问询yes/no。 出现跳Y的情况，按CTRL中止运行，不需要删除miniconda文件（rm -rf miniconda）解决跳Y问题后，继续回车

• 出现 Thank you安装完成结束

miniconda的激活

• source ~/.bashrc命令激活miniconda
• 运行命令后出现满屏信息，说明成功

添加镜像网站

conda的使用

• 查看服务器上所有软件列表

conda list

• 安装列表软件

conda install fastqc -y

• 确认软件是否安装成功

软件名 --help

如果出现一大堆文字，即为成功

• 卸载软件

conda remove 软件名字 -y

查看conda有什么环境

• conda info --envs

带*的是默认环境

• conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

意思为建立一个名字为rnaseq的conda环境，指定pathon版本为3，安装fastqc\trimmomatic这两个软件。