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空转第三节课多样本整合的补充

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追风少年i
发布2023-09-26 16:09:55
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发布2023-09-26 16:09:55
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在空间第三节课,空转多样本整合及去批次,涉及到的CCA和harmony的去批次效果,这篇文章我们来判断一下。

还是以课上演示过的4个liver样本为例,并进行简单的形态学划分

首先时CCA的分析结果

初步的判断来看,大致的分区结构是符合形态学划分的。

再来看看harmony

单从形态学而言,也很符合形态学的划分。

但是我们比较CCA和harmony的结果可以发现

harmony整合的过程中把正常区域整合在了一起,而CCA在整合的过程把部分正常区域和部分肿瘤区域合并成了一个cluster。

CCA对肿瘤区域的聚类结果更为混乱一点,这一点符合认知。

整体效果而言倾向于harmony的分析结果。

关于空间整合分析的结果仍然建议大家采用文献的思路,整合的过程分别使用CCA和harmony进行分析,根据邢台学划分来判断采用哪种整合结果。

文章的最后提醒大家一下, 很多人拿了我收集的marker表倒卖,我个人表示没有办法杜绝,我只希望了买了别人的marker表或者上课的课件等资料内容别来烦我就可以😂😂😂😂😂。

生活很好,有你更好

原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

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