基因组注释服务-完美解决gff文件缺失的难题(火热进行中)

❝「还在因为数据库没有公布基因组注释文件而导致目标物种研究无法进行而苦恼吗？」「为什么不尝试做一下基因组的注释」 ❞

有了gff注释文件就可以愉快的开展各种组学的生信分析项目了，当然也可以愉快的进行数据库的挖掘从而降低同质化减少内卷。

小编发现目前新发布的基因组的数据往往只提供基因组文件，「多半不提供基因组注释结果即gff格式文件」，这样做的目的当然是保证发文单位可以拥有第一手的数据来大面积的产出文章了， 那此时若想对目标物种分析的你往往只能选择「无参」或者放弃，那么如果能通过一套分析流程「基于基因组文件得到注释结果」那对后续的其它项目分析将是游刃有余。

❝小编搭建的「基因组的注释分析流程已经完美运行」，目前已经实际完成过某植物基因组的注释， 近期也有不少朋友询问，「基因组的注释周期一般在一月左右」，所以若是有需要对某个物种基于基因组文件进行注释分析的朋友可以联系小编进行咨询交流。现阶段可享受早鸟价优惠，提供发票及其它报账材料。 ❞

提供结果文件列表

「最终提供注释得到的gff文件及各大数据库的功能注释结果」，下面来对不了解基因组注释的朋友来做个简单的原理介绍。

基因组注释的原理简介

❝基因组注释是利用生物信息学方法和工具，对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释，是当前功能基因组学研究的一个热点。即在一条DNA序列上, 通过denovo、同源、结构定义等多种方法, 搜寻并定义基因组元件, 得到其位置、序列、结构、功能等信息。 ❞

基因组注释主要内容

• 1.重复率列的识别
• 2.基因结构预测
• 3.基因功能预测
• 4.非编码RNA预测

重复率列的识别

重复序列可以分为两大类：

「串联重复序列（Tandem repeat)」 「散在重复序列（Interspersed repeat）」

串联重复序列包括微卫星序列（Microsatellite）、小卫星序列（Minisatellite）等，它们在基因组中连续排列。 散在重复序列又被称为转座子元件，包括DNA-DNA方式转座的DNA转座子和反转录转座子（Retrotransposon）。

两类重复序列示例图

基因结构预测

❝通过基因结构预测，我们可以获得基因组中的详细基因分布和结构信息，能够深入了解基因的组成和功能，从而揭示基因在生物体内的作用和相互关系。这对于理解生物体的生理和进化过程至关重要。 ❞

主要涉及预测基因组中的各种基因特征，包括但不限于： 1.基因位点 2.翻译起始位点和终止位点 3.内含子和外显子区域 4.启动子 5.可变剪切位点 6.蛋白质编码序列

真核生物蛋白质编码基因结构图

❝基因的结构预测可以分为同源预测和从头预测两个主要步骤，使用MAKER软件进行注释，通过整合SNAP，Augustus等多种注释方法进行准确的基因结构鉴别，其为后续功能注释和进化分析提供重要的基础。 ❞

基因功能预测

❝获得基因结构信息后，若希望能够进一步获得基因的功能信息，如预测基因中的结构域、蛋白质的功能和所在的生物学通路等。注释数据库主要有eggNOG、GO、InterPro、KEGG、KOG、NR、Pfam、Swissprot、TrEMBL等。 ❞

非编码RNA预测

❝非编码RNA，指的是不被翻译成蛋白质的RNA，如tRNA, rRNA等，这些RNA不被翻译成蛋白质，但是具有重要的生物学功能。miRNA、tRNA、rRNA、snRNA ❞

通过tRNAScan-SE等软件来预测基因组序列中miRNA ，tRNA ，rRNA ，snRNA ，snoRNA的分布，获得基因组非编码RNA注释区域。

需提供信息

❝1.基因组文件下载地址 2.近源物种蛋白序列 3.对应物种不同组织的RNA_seq数据 ❞

上面简要介绍了一下如何基于基因组数据对其进行注释的原理，通过其我们可以得到完美的注释文件，从而用其快速的进行有参的项目分析。