Day5生信入门——数据结构（！选修！直接使用数据框中的变量！没学！！）

TIPs:

1. R的赋值符号不是等号，而是<-
2. 在Console 控制台输入命令，相当于Linux的命令行
3. R的代码都是带括号的，括号必须是英文的。
4. 显示工作路径 getwd()
5. 向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。
6. 表格在R语言中叫数据框
7. 要理解其中的命令、函数的意思! 函数或者命令不会用时，除了百度/谷歌搜索以外，用这个命令查看帮助：?read.table，调出对应的帮助文档，翻到example部分研究一下。

向量

1. 标量和向量的区分：

元素指的是数字或者字符串（用chr表示）等，根据它可以区分两个词：

1）标量：一个元素组成的变量

2）向量：多个元素组成的变量

x<- 1:10 #从1-10之间所有的整数

x<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意是逗号不是分号）

x<- rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次

多次赋值结果为最后一次赋值

2. 从向量中提取元素

1）根据元素位置

这里的x是刚才赋值的变量名，根据自己的情况来修改

x[4]#x第4个元素

x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素

x[2:4] #第2到4个元素

x[-(2:4)]#除了第2-4个元素

x[c(1,5)]#第1个和第5个元素

2) 根据值

x[x==10]#等于10的元素

x[x<0]

x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素

数据框

1）读取本地数据

A. 先把数据放到工作目录里

B. 用以下命令即可获得示例数据框：X<-read.csv('doudou.txt')

2）设置行名和列名

X<-read.csv('doudou.txt') #在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框

colnames(X) #查看列名

rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...

colnames(X)[1]<-"bioplanet"#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改

X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = " ",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列为行名

3）数据框的导出

write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号）

4）变量的保存与重新加载

这次没有处理完的数据下次想接着用怎么办?--学会保存和重新加载。保存的格式是RData。

save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量

save(X,file="test.RData")#保存其中一个变量

load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令

5）提取元素

• X[x,y]#第x行第y列
• X[x,]#第x行
• X[,y]#第y列 -X[y] #也是第y列
• X[a:b]#第a列到第b列
• X[c(a,b)]#第a列和第b列
• X$列名#也可以提取列（优秀写法，而且这个命令还优秀到不用写括号的地步，并且支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列）6）直接使用数据框中的变量！！！！！！作业：
  
  同的，X没有命名？