2023-08月的马拉松在线互动授课答疑精选

下面是优秀实习生的整理和分享

1【准备工作】请问下我电脑里R/R studio的版本是4.2.3，还需要装4.3.1版本嘛

如果你使用4.2较长时间，且没有版本问题的话，可以不更新。否则建议更新。

2【R】我感觉R更新还挺频繁的，但请问更新后如何把安装过得R包迁移过去呢？

以前版本的R包不一定适配，建议直接重装新的。

3【准备工作】第二次运行的时候这个是不是显示我已经下载好了

运行最后library代码，报错提示缺啥就安装啥，安装方法有 BiocManager::install('xx') 或 install.packages('xx')，逐一尝试，没有明显的 ERROR 关键词就不要管。

4【准备工作】这样是表示装好了吗？

是的哦，很棒。

5【准备工作】上课前要装linux吗？

不用，我们的 Linux 操作都在服务器上完成，请不要自己去折腾Linux虚拟机或者双系统。第三周周一会发Linux服务器账号给大家，现在不急。

6【准备工作】我看我R library里面只有30个包，没有KEGG 之类的，这是正常的吗？

这个不用担心，在其他文件夹下，上课会讲的。

7【准备工作】在安装R包时出现这些怎么回事

放心，这些都是正常的输出，并没有报错什么的。R语言只是习惯性地把在干的事情都报告一下给你让你知悉。当出现error关键词的时候才是报错了。只要没有出现error，那都是正常的输出而已。

8【准备工作】我可以用Windows的R吗？

不推荐新手直接使用R，Rstudio会调用你装好的R的，并且提供更多的功能。对于新手入门要友好得多得多。

9【准备工作】安装R包一直是这些，怎么回事

你要读一读它的输出。warning和error的部分都是重要的提示。这里它说你缺少Rtools，你得去装一下。

10【准备工作】我下载R，但是显示R 4.3.1 for macOS (ARM64) can’t be installed on this computer. 请问是什么原因。

即便是 M1或2芯片，也安装 intel 版本的R即可，群公共网盘下载

11【准备工作】这个怎么办呀，我看答疑也没看懂

你为什么先运行最后一行的？你要把光标放到第一行，再点击运行哦。

12【准备工作】这个安装的时候没注意是中文形式，怎么更改呢？

不担心，没啥问题，等明天授课即可。

13【准备工作】我的org.Hs.eg.db和hgu133plus2.db两个包安装失败，显示cannot open URL，我看答疑文档里说换成tsinghua的那个镜像，但是我已经是tsinghua的镜像啦

提示是网络问题，你换个网络环境试试。

14【准备工作】一直出现这个怎么解决啊

回答yes。

15【电脑】请教个naive的问题，Mac内存大小影响后续使用R语言编程不？Mac多大内存合适呀

五年以内买的都行。

16【准备工作】老师，R语言版本不一样，其他软件和R包安装相同的资源么？版本不一致，会影响后续学习不

建议将R语言升级到4.3，群公告网盘里有4.3的R，直接覆盖安装。

17【准备工作】这正常么？怎么是中文的啊

没关系了，中英文都可以。到时候遇到了报错如果是中文提示语可能会不方便你检索互联网资料， 不过我们会协助你。而且也可以通过代码设置它临时使用英文给你报错信息哦

18【准备工作】好多安装失败，是不是因为我又装了一次Rstudio啊？

异常的R包，找到前面对应 install的 代码，运行一下。

19【准备工作】更新R4.3之后，图为什么会弹出来，不在右下角这个框里面了

你的Rstuio版本太旧了，可以到群公告百度网盘下载新版本。

20【准备工作】我安装了新的R语言4.3.1的，但是在Rstudio里面还是之前安装的版本，请问这个怎么解决呢

在 Rstudio上面的 tools --global option 设置

21【R】我这个错误是什么意思

看起来不影响结果，可以先忽略。或者重启一下Rstudio看看能不能解决。

22【GEO】不同的GEO数据大小差别这么大正常吗？一个4.8M，一个3.3K

3.3k 应该是个假的，里面没有完整的表达矩阵.

23【Rstudio】我在看回放，第五节课，讲ggplot2，用课件给的代码，一开始就报错了

可能是Rstudio 版本太低，你更新一下。

24【R】代码运行没有报错，但是也没有出图，是怎么回事？生成的pdf文件也是0B

你差 dev.off()；在 plot 之前用了 pdf() 图片就是保存到 pdf 文件里面，不会出现在 Rstudio右下角。

25【服务器登录】登录的时候出现这个，请问怎么解决呢

是不是用的校园网或者医院的网络？换个网络环境试试。

26【R】Day5天的习题5-1中将文件保存为Rdata并加载他，为啥提示找不到文件呢

list = 这个是啥，应该是 file =。

27【R】是不是r中加载csv格式的文件，在左下角的框里如果显示的话，是有限制的是吗

一般左下角窗口只显示若干行，行数太多不会全部打印出来的，你读入R赋值给变量之后，右上角窗口点击变量就是 view 完整的。

28【R】那下一题为啥我load之后提示没有呢？但是ppt上显示是有的。是R_02.Rproj打开的

y.Rdata 里面保存的变量名不一定就叫y，有可能叫别的，你看 load 前后你右上角变量增加了哪些。

29【R】你们谁有AnnoProbe的包可以发我个不，我的R装不上去。我设置了时间，现在删了还是登不上

github失败很正常，但是这个包不需要github安装啊，你直接install即可。

install.packages("AnnoProbe")

30【Linux】这个表示multiqc装好了？

依赖库缺失conda install packaging

31【WGCNA】wgcna_GSE199335 里面 这句话，我知道灰色代表没有合适聚类不能太多，但是青色也不在考虑范围内是为什么呢，我不太理解

因为青色是基因最多的模块，比如你5000基因可能有2000在青色模块 他不太可能聚类全部在一起，所以不太看他。

32【GEO】我在重新跑GEO的pipeline 05_anno.R 那节课的时候（富集分析）出现了这个问题 不太理解

要培养搜索意识哦

33【差异分析实战】学差异分析的时候，tinyarray代码里面取到的差异基因太少了，这个怎么调logFC数值呀

是有参数的