生信入门day7—测序入门

测序原理

• 测序是测生物体的遗传信息

一代测序：

sanger发明的70年代的双脱氧终止反应法

原理如下：

1. DNA的基本组成单位是单脱氧核苷酸（dNTP)，dNTP5点位和3点位各有一个羟基。
2. sanger合成了3点位没有羟基的核苷酸（ddNTP），由于无法与下一个dntp形成磷酸二酯键，终止了DNA的聚合反应。

二代测序：

illuma公司的合成测序方法为主流

原理如下：

1. 桥式PCR扩增--DNA链进入flow cell(流动池)配对互补后，加入DNTP和聚合酶合成、加入NAOH碱溶液解开，加入中性溶液又折叠再次互补，由此一直重复。
2. 测序过程加入4种红黄蓝绿不同荧光标记的dNTP进行互补配对，通过荧光判断碱基是哪一种
3. 二次测序读取Index（最开始文库里人工加的DNA接头），可以确认DNA片段来自哪个样本