Day3——Linux环境中的软件安装

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Linux软件安装

以下内容来自生信技能树学习

conda相关

conda 软件包管理器

anaconda 自动安装了很多包

miniconda 下载器

下载miniconda

1.通过miniconda 清华镜像uname -a务必通过此代码查看服务器位数查找适合自己的版本，注意区分X86_64与ppc64le的区别

注意区分Linux与Windows的区别

下一步 进入服务器xshell

进入biosoft目录

用wget+链接

下载

如果失败 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shbash 上文所选择的版本

• ！让Enter就Enter，问yes/no，就yes 中间有个需要一直Enter的地方，别按多了 最后出现 Thank you for installing Miniconda3!便成功了 激活 source ~/.bashrc 出现信息时，成功；反之继续运行添加镜像镜像，更快下载# 使用北外的镜像 conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --set show_channel_urls yesconda 使用conda list查看当前服务器所安装列表

安装软件

conda install 软件名 -y

-y 对安装过程中问题默认yes

指定版本号 conda install 软件名=版本号 -y

查看是否安装完成

软件名 --help查看文件帮助文档，可查看则为完成

卸载软件

conda remove 文件名 -y

环境

• ：可以理解为软件多开 查看环境 conda info --envs查看时，带*的就是当前激活的 创建环境 conda create -n 环境名 python=3 fastqc trimmomatic -y 指定python版本为python3，并安装 fastqc与trimmomatic 再次conda info --envs查看

可以看到base与名为rna-seq,此时base激活

激活环境

conda activate rna-seq

可以看到base与名为rna-seq，此时rna-seq激活

此时输入fastqc，之前安装的文件，出现帮助文档，即为激活

退出环境

conda deactivate

🥱🥱🥱