临床基线表是在临床研究中用于记录和收集患者初始诊断、治疗前的基本信息以及其他关键变量的表格或数据库。这些基本信息通常被用作研究的起点,用于建立患者的初始状态或基线状态。
本文介绍通过Galaxy生信云平台 usegalaxy.cn 制作临床基线表/三线表的方法。
要制作临床基线表/三线表,首先要将临床信息整理成表格:
比如:
本文将以平台自带的一个测试数据集(tableone_pbc.tsv)为例进行演示。
点击输入数据最右边按钮 Browse datasets > Data libraries > Table data > tableone_pbc.tsv,如图:
完成数据集的选择后,我们保持其他参数设定框为空,以默认参数运行工具:
点击眼睛图标,查看计算结果:
结果展示:
点击显示数据详情:
点击磁盘图标下载结果文件:
结果是一个文本文件,可以用文本编辑器或者Excel打开:
在Galaxy平台上重新调整参数再次运行工具是非常方便的,只需要点击界面中的“重运行”按钮:
可以看到,界面中出现了刚才运行任务时的参数设置,也就是说,当重新运行任务时,上一次运行的参数得到了保留,我们只需要进行必要的修改,即可再次运行工具。
进行必要的修改,如:
再次点击 Run Tool 运行,查看结果:
可以看到:
此外,表中还展示了 p 值 ,关于检验方法:
限于篇幅,本文就介绍到这里,更多生信工具,请到Galaxy生信云平台 usegalaxy.cn 网站进行探索。
生信分析已经进入2.0时代,即云平台时代。
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