NAR | 中医科学院陈同等开发整合药用植物组学平台 IMP
药用植物因其潜在的抗肿瘤、抗炎和抗氧化特性，在民族医学和传统医学中引起了极大的关注。基因组测序和合成生物学的最新进展重新激发了人们对这些天然产物的兴趣。尽管有很多药用植物的基因组和转录组测序数据，但缺乏可公开访问的基因注释和表格格式的基因表达数据，这不利于它们的有效利用。为了解决这一紧迫问题，我们开发了IMP (Integrated Medicinal Plantomics)整合药用植物组学平台（https://www.bic.ac.cn/IMP 点击阅读原文直接跳转）。
IMP收录了84个高质量的基因组（预期收录所有植物的基因组），整理了848,565,672个基因，以及2,158个转录组测序样本，涵盖了多个器官、组织、发育阶段和胁迫刺激。通过集成的10个分析模块，用户可以简单地在IMP中探索基因的注释、序列、功能、分布和表达。IMP的开发和使用将会从基础数据层面促进药用植物分子代谢途径的解析，进而在推动合成生物学的发展、促进药物发现和药物生产的天然来源的探索方面发挥重要作用。
IMP 针对收录的数据提供了 10 个功能分析模块，示例性结果如下图，包括多基因表达图谱的绘制、共表达基因的搜寻和鉴定、基因簇的展示、BLAST 序列搜索、多序列比对、在线差异基因分析（样品相关性热图、差异基因热图和火山图）、GO/KEGG富集分析、GSEA 富集分析、IGV 基因组浏览器展示、引物设计、序列提取等。
文章发表
IMP 于 2023 年 10 月发表于 Nucleic Acids Research, https://doi.org/10.1093/nar/gkad898。
中国中医科学院中药资源中心陈同博士和杨莓博士(在读)为论文第一作者，黄璐琦院士、郭娟、袁媛为该论文共同通讯作者。相关工作得到中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金、中国中医科学院科技创新工程项目、道地药材品质保障与资源持续利用全国重点实验室开放课题、国家重点研发专项等的支持。
- 陈同，博士，中国中医科学院副教授 研究方向涉及高通量数据分析、生物信息工具开发、合成生物学、表观组学等，在Cell Stem Cell (封面文章)，Nucleic Acids Research，Nature communications, Protein & Cell, iMeta等高水平杂志以第一或通讯作者发表文章十余篇；开发在线绘图和分析平台 ImageGP、BIC、EVenn, 在线数据库平台IMP、CRAMdb、ETCM1/2、CMNPD、iLABdb、SoFDA 等，总计使用超 150 万人次；运营有十四万人关注的微信公众号和视频号《生信宝典》，分享有1400 多篇生物信息分析原创文章、教程和视频，阅读播放千万次。联合创办iMeta期刊，现为执行主编，致力于打造微生物和生物信息领域的国产高水平杂志。
- 杨莓，天津中医药大学，中药学在读博士生。目前研究方向为中药基因组，转录组等数据分析和多组学工具开发。以第一作者或共同第一作者在Nucleic Acids Research，Frontiers in Plant Science，Phytochemical Analysis杂志发表论文3篇，副主编著作1部，参编著作1部。
- 黄璐琦，中共党员，中国工程院院士。现任国家中医药管理局副局长、党组成员，中国中医科学院院长。任中国科协第十届全国委员会副主席，国家监察委员会第一届特约监察员，第十五届、十六届北京市人民代表大会代表。政协第十三届全国委员会常务委员。荣获全国优秀共产党员称号。从事中药资源学与分子生药学研究。提出和发展了“分子生药学”学科，揭示和阐明了道地药材形成理论，建立珍稀濒危常用中药资源五种保护模式，组织实施第四次全国中药资源普查，摸清我国中药资源本底。获国家科学技术进步二等奖5项、全国创新争先奖章、国家杰出青年科学基金资助、中国标准创新突出贡献奖、全国优秀博士学位论文指导教师等荣誉。主持研发我国首个具有完全自主知识产权的治疗新冠肺炎的中药新药，荣获全国抗击新冠肺炎疫情先进个人称号。以第一作者或通讯作者发表论文580余篇，包括BMJ，NAT COMMUN，PNAS，JACS等SCI论文300余篇。
- 袁媛，中国中医科学院首席研究员，博士生导师，国家杰出青年科学基金获得者。任中国中医科学院中药资源中心副主任，兼任中华中医药学会中药鉴定分会主任委员，中国中西医结合学会分子生药学专业委员会副主任委员，中国中药协会种子种苗专委会副主任委员，主要从事中药鉴定与分子生药学研究。先后获中国青年女科学家奖团队奖、北京市科技新星、科技部中青年科技创新领军人才、国家中医药管理局青年岐黄学者、中国科协求是杰出青年成果转化奖等。近5年获国家科技进步二等奖、中国中西医结合学会科技进步一等奖、中华中医药学会科技进步二等奖等7项，在Nature communications、Science Bulletin 等杂志上以第一或通讯作者发表论文120余篇，授权专利43项，发布国家标准、团体标准11项。
- 郭娟，2010年博士毕业于中国科学院武汉植物园，中国中医科学院中药资源中心研究员。入选国家级科技创新领军人才、青年岐黄学者、中国药学发展奖杰出青年学者、中华中医药学会中青年创新人才，获国家自然科学基金优秀青年基金资助。主要从事中药资源与分子生药学研究，在PNAS、Nature Communications等学术期刊共发表文章60余篇，授权专利10项，成果转化2项，兼任中华中医药学会青年委员会常务委员、中国植物学会药用植物与植物药专业委员会委员、中国中西医结合学会分子生药学专业委员会委员。主要研究方向：中药活性成分活性成分生物合成及调控、药用植物代谢工程研究、天然产物合成生物学、修饰酶结构与作用机制及其分子设计与进化。
引文：IMP: bridging the gap for medicinal plant genomics. Nucleic Acids Research, gkad898, https://doi.org/10.1093/nar/gkad898