Day7——测序知识--迪迪

以下内容来自生信星球学习小组第159期

目录

测序过程和原理

一代测序

Sanger测序原理

• 通量低，成本高

二代测序、三代测序

测序对比

基因组学（核酸序列分析）

（1）全基因组测序（WGS）

（2）全外显子组测序（WES）

（3）简化基因组测序（RRGS）

  ①RAD-Seq

  ②GBS

  ③2bRAD

  ④ddGBS（也就是ddRAD）

作用：

（1）基因组作图（遗传图谱、物理图谱、转录本图谱）

（2）核苷酸序列分析

（3）基因定位

（4）基因功能分析

其它：

以全基因组测序为目标的结构基因组学

以基因功能鉴定为目标的功能基因组学

转录组学（基因表达分析）

（1）mRNA-Seq

（2）IncRNA-Seq（长链非编码RNA）

（3）sRNA-Seq（主要是miRNA-Seq）

作用：

（1）获得物种或者组织的转录本信息

（2）得到转录本上基因的相关信息，如基因结构功能等

（3）发现新的基因

（4）基因结构优化

（5）发现可变剪切

（6）发现基因融合

（7）基因表达差异分析

sRNA的特征

蛋白质组学

（1）蛋白质组数据处理、蛋白及其修饰鉴定

（2）构建蛋白质数据库、相关软件的开发和应用

（3）蛋白质结构功能预测

（4）蛋白质连锁图

代谢组学

（1）代谢物指纹分析

（2）代谢轮廓分析