Day3-达布

linux环境下的软件安装

了解conda

conda相当于Linux的应用商店，日常生信使用Miniconda就行

下载Miniconda到服务器上

浏览器搜索“miniconda 清华”

查看服务器是多少位的uname -a

找到对应的最新（latest）的版本

右键复制下载链接

进入biosoft目录（新技能使用tab键自动补全）cd biosoft

使用wget 链接(windows右键是粘贴)

然后就是下图这样

安装Miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh （这里用tab键的自动补全功能很方便） 一顿enter加yes就安装好了激活Minicondasource ~/.bashrc

输入conda如果有满屏幕的信息就是激活成功

添加镜像

因为从镜像网站上下载快

复制下面的代码使用北外的镜像（不知道为啥下面的代码用不了markdown语法标记）

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main

conda config --set show_channel_urls yes

使用conda

conda list可以查看服务器目前安装的所有软件列表 安装fastqc软件conda install fastqc -y(-y就是安装过程中所有的问题都回答yes) fastqc --help确认是否安装成功

卸载软件conda remove fastqc -y

conda环境

环境就是不同的分身，不同分身可以安装不同软件，避免不同项目需要用同一软件的不同版本的冲突情况

conda info --envs查看当前conda有哪些环境，前面带*号的就是当前激活的

onda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y创建新环境

conda activate rna-seq激活环境 conda deactivate退出当前环境