MIMIC数据库提取教程-提取某种疾病下的患者人口统计学指标
原创MIMIC数据库提取教程-提取某种疾病下的患者人口统计学指标
原创
在上一篇数据库提取教程中，小编教大家提取了“肺栓塞”患者的实验室指标，具体步骤可以参考MIMIC数据库提取教程-提取某种疾病下的实验室指标。
在本期数据库提取教程，小编依旧以“肺栓塞”患者为例，教大家如何提取患者的人口统计学指标。
在mimiciv数据库中，患者的人口统计学信息主要分为两部分。
第一部分为患者的“语言”，“种族”，“婚姻状态”这几种信息，这些信息直接记录在了hosp模块的admissions表中，大家直接提取即可。
第二部分为患者的“年龄”，“身高”，“体重”这几个信息，这几个信息都不可以直接从表中直接提取，而是要经过计算才能获取患者正确的指标。
本期小编就教大家如何在mimiciv数据库中获取患者的“年龄”，“身高”，“体重”这几个很重要的指标。
一，获取患者的真实年龄
mimiciv数据库为了保护患者的隐私，并没有直接记录患者的真实年龄，patients表中记录了两个关于年龄的字段：
anchor_age：患者相对anchor_year的相对年龄。
anchor_year：计算患者年龄的基准年份。
anchor_age并不是患者的入院时的真实年龄，而是根据anchor_year做了偏移，真实年龄的计算公式是：
患者的真实年龄=anchor_age+患者的入院时间-anchor_year
上图中的ROUND函数是将年龄转为2位小数。
上图小编使用到了DATETIME_DIFF函数，该函数为mimiciv官方函数，作用是求两个时间的差，这个函数小编是安装在mimiciv_derived模块中，如果大家不是安装在这个模块中，请把函数前缀替换成自己的模块名哈。
SELECT ad.subject_id, -- 患者表中记录的是年龄是脱敏数据，是一个相对年龄，必须经过转换才可得出患者的真实年龄 -- 年龄计算公式为 患者相对年龄+患者入院时间年份-偏移年份 MAX(ROUND(pa.anchor_age + mimiciv_derived.DATETIME_DIFF(ad.admittime, mimiciv_derived.DATETIME(pa.anchor_year, 1, 1, 0, 0, 0), 'YEAR'),2)) AS age FROM admissions ad, patients pa WHERE ad.subject_id = pa.subject_id GROUP BY ad.subject_id二，获取患者的身高
mimiciv数据库中患者的身高数据存放在icu模块的chartevents表中，并且身高会使用两种单位进行记录，分别是英寸跟厘米，为了数值的正确，必须将单位统一，这里小编会将使用英寸的测量数据转成厘米。
-- MIMIC中测量身高有两种单位，分别是英寸跟厘米，两种都要统计，最终单位统一转成厘米base_ht AS ( SELECT c.subject_id -- 单位统一转成厘米，取最大值 ,MAX( CASE WHEN c.itemid = 226707 THEN ROUND(CAST(c.valuenum * 2.54 AS NUMERIC), 2) ELSE ROUND(CAST(c.valuenum AS NUMERIC), 2) END) as height FROM mimiciv_icu.chartevents c WHERE c.valuenum IS NOT NULL -- 226707身高测试使用的是英寸,226730使用的是厘米 AND c.itemid in(226707,226730) GROUP BY c.subject_id)三，获取患者的体重
mimiciv数据库中患者的体重数据也存放在icu模块的chartevents表中，患者的体重数据有两种类型，分别是入院时测量的体重跟医院每天的测量体重。小编这里取的是患者两种体重的平均值。
-- 测量体重，测量体重有两种类型，一种是患者入院时测量，另一种是在ICU中每日的测量值，-- 我们直接取平均值base_wt AS ( SELECT c.subject_id, ROUND(CAST(AVG(c.valuenum) AS NUMERIC),2) AS weight FROM mimiciv_icu.chartevents c WHERE c.valuenum IS NOT NULL AND c.itemid IN(226512, 224639) AND c.valuenum > 0 GROUP BY c.subject_id )最终提取出来的“肺栓塞”患者的人口统计学信息如下，小编为了大家学习的连贯性，直接把人口统计学指标加在了原有的指标上面。
原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。