【孟德尔随机化药靶分析】SMR分析

数据准备

首先要明确SMR分析需要准备哪些文件？为了方便大家去SMR官方网站查找资料时有所参照，我尽量使用官网原文，附上相应的解说：

“We store eQTL summary data in three separate files .esi (SNP information, similar as a PLINK .bim file), .epi (probe information) and .besd (a binary file to store the summary statistics).

Make a BESD file from SMR query output

注意myquery.txt的行名和行名顺序哦，

smr --qfile myquery.txt --make-besd --out mybesd 

有了besd文件后，我们继续来制备另外两种格式的文件：

Update the .esi or .epi files

ps:这里的my_beqtl文件就是上一步生成的mybesd文件，不加后缀名

smr --beqtl-summary my_beqtl --update-esi mybigpool.esi 

--update-esi reads a .esi file for updating and backup the original .esi file.

smr --beqtl-summary my_beqtl --update-epi mybigpool.epi

--update-epi reads a .epi file for updating and backup the original .epi file.

要强调的是，这三个格式的文件名要求保持一致，便于后续SMR分析！

然而问题来了，myquery.txt文件又是从何而来的呢？

靶基因的eqtl文件获取

“eQTLGen - cis-eQTLs

“输入感兴趣的基因，然后记住基因在哪条染色体上，还有Gene ID 比如，

“然后，

“这个文件1G多，下载以后解压缩，一直到文件名的尾巴分别是besd/epi/esi结尾的时候，修改文件名为：

假设你已经下载好了SMR软件，我这里就直接运行：

PS E:\09-MY_try\MR_Practice\SMR\smr-1.3.1-win-x86_64> .\smr-1.3.1-win.exe smr --beqtl-summary ..\cis-eQTL-SMR_20191212\myeqtl --query 5.0e-8 --snp-chr 1

这个时候就拿到了对应染色体上p值<5.0e-8的所有基因的相关信息：

当然，也可以直接指定基因，这样就更省事了~

PS E:\09-MY_try\MR_Practice\SMR\smr-1.3.1-win-x86_64> .\smr-1.3.1-win.exe smr --beqtl-summary ..\cis-eQTL-SMR_20191212\myeqtl --query 5.0e-8 --snp-chr 1 --gene ENSG00000119535 --out myquery

这里要注意，gene对应的是ENSG00000开头的哦

打开myquery文件：

这回总算和第一步衔接上了！

SMR分析前准备

PS E:\09-MY_try\MR_Practice\SMR\smr-1.3.1-win-x86_64> .\smr-1.3.1-win.exe smr --qfile .\myquery.txt --make-besd --out myCSF3R

这个时候到对应文件夹下查看就会发现，

哇哦，齐活了！

接下来就可以开始SMR正式分析了——

SMR & HEIDI analysis

这里的结局是primary outcome，别搞错喽！另外，参考基因组记得对应到靶基因对应的染色体上哦~

准备mygwas.ma

这里有几个细节需要关注：The headers are not keywords and will be omitted by the program.

“"A1 "应为效应等位基因，"A2 "应为其他等位基因，"freq "应为 "A1 "的频率。 "n "列不会用于 SMR 或 HEIDI 分析，因此如果没有，可以用 "NA "代替。也就是把列名为n的内容赋值为NA，但不能没有n这一列！

有的GWAS数据是从别人的文献中获取的，这个时候就要手动加freq这一列，之前已经介绍过➡

SMR分析

PS E:\09-MY_try\MR_Practice\SMR\smr-1.3.1-win-x86_64> .\smr-1.3.1-win.exe smr --bfile ..\1000G.EUR.QC\1000G.EUR.QC.1 --gwas-summary ..\my_gwas.ma --beqtl-summary .\myCSF3R --out mysmr --thread-num 10