R语言计算Logistic的efect和OR值以及置信区间

各位小伙伴，大家好，我是邓飞，今天介绍一下，如何使用R语言进行logistic分析，并且计算OR值和置信区间。

OR值的定义：

OR 值（odds ratio）是一种统计量，用于度量两个事件的概率发生的相对大小。在二分类 GWAS（基因组关联研究）分析中，OR 值用于衡量某个基因变异（或基因型）与某个疾病（或特征）之间的关联程度。

OR 值大于 1 表示基因变异和疾病间存在正相关，即该变异可能增加患病的概率；OR 值小于 1 则表示基因变异和疾病之间存在负相关，即该变异可能减少患病的概率。一般情况下，OR 值越大表示基因变异和疾病间的关联程度越强。

在二分类 GWAS 分析中，通过计算每个基因变异的OR值，可以评估其与疾病之间的关联程度，从而推断基因变异对疾病风险的贡献。这可以帮助研究人员了解潜在的遗传基础以及疾病风险的变化。

plink的Logisitic模型的GWAS分析计算结果如下：

R语言的解决方案：

m1 = glm(phe.V3 ~ rs3131972_A,family = "binomial",data=dd )
summary(m1)

# 计算OR值
exp(coef(mod))
## 置信区间
exp(confint(mod))

# 一步到位：OR值和置信区间
library(questionr)
odds.ratio(mod)

结果：

手动计算OR值：

一步到位的OR值和置信区间：