Day-3 香波🐟

day3-linux环境下的软件安装

linux如何安装软件？（出自生信星球学习小组课程） 第一步，简单了解conda--“linux的应用商店”

第二步，给你的服务器下载conda-我们用它的精华版--miniconda就可以。

第三步，安装和配置miniconda

第四步，使用miniconda，也就是查看已安装的软件、安装、卸载软件，以fastqc为例。

第五步（选修），不同的生信实战项目，需要定制conda的分身。

step 1 了解conda

其实就是linux的app store，只是miniconda适用于生信领域。

step 2 给服务器下载miniconda

uname -a指查看服务器是多少位的

在minicondon 清华镜像网站中下载最新的miniconda版本https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_23.10.0-1-Linux-x86_64.sh

wget指从网络下载一个文件并保存在当前目录

wget -O,wget -limit -rate,wget -C是拓展用法。

source ~/.bashrc#激活conda,注意空格

step 3 安装和配置miniconda

设置镜像：

# 使用北外的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

step 4 使用miniconda

conda list查看当前服务器上安装的所有软件列表

conda install fastqc -y安装fastqc软件，其中-y的意思是安装过程中一直回答yes

花花老师友情提醒默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本，如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y

fastqc --help查看fastqc的帮助文档，这说明fastqc已经安装成功

conda remove fastqc -y卸载fastqc软件

补充内容！

理解conda环境

Conda环境是一个由Anaconda或Miniconda软件包管理器创建和管理的独立环境。它允许用户在同一台计算机上安装不同版本的软件包和它们的依赖关系，而不会相互干扰。这使得在不同项目中使用不同版本的软件包变得更加容易，并且可以避免因软件包版本冲突而导致的问题。 Conda环境还可以轻松地共享和复制，从而使得在不同计算机上重现相同的环境变得更加简单。

conda info --envs查看当前环境，记得带星号滴就是已激活的环境哈

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y意思是创建一个新环境，叫rna-seq，指定python是3，安装fastqc和trimmomatic

conda activate rna-seq激活转录组这个环境

conda deactivate取消当前环境

成功啦

好啦，今天的学习到此结束，附上简略版思维导图一张~

思维导图