生信星球学习小组笔记 Day 5——LIU

生信星球学习小组笔记 2023年12月1日

今天对R语言数据结构进行学习，★划重点：向量和数据框

一、向量新知

初印象：变量、一串数字、一串字符、不止一个、数据分析的直接对象。（不一定是正确的，仅本人粗显的理解）

新知：

标量：一个元素组成的变量；向量：多个元素组成的变量

非常形象的一张图↓：

来源生信星球公众号

说到变量，联想到中学时代所学习的函数中的X，同样，R语言中也是对某个“符合”赋值。

x <- c(1,2,3,4)
x <- c('a','b','c')
x <- c(1,2,3,'a')
#运行结果
> x <- c(1,2,3,4)
> class(x)
[1] "numeric"
> x <- c('a','b','c')
> class(x)
[1] "character"
> x <- c(1,2,3,'a')
> class(x)
[1] "character"

可以发现，x可以是数字或者是字符，与此同时，数字和字符一块赋值，则数字也变成了字符。

利用函数赋值：同样的，也能通过函数（自带或自定义）进行赋值。

x <- rnorm(5) #利用正态分布函数生成5个符合正态分布的数字
> x
[1]  0.4565827  0.0398871  0.9193298  1.0669231 -1.2529013

TIPS：不知道函数用法和作用可以使用?函数解决，如?rnorm()。

rnorm()函数介绍

二、从一串向量取出需要的值

通过上面的结果，我们得到了有5个数值的向量。

> x
[1]  0.4565827  0.0398871  0.9193298  1.0669231 -1.2529013

用[]取值，如：

x[1] #取第一个
x[-1] #除了第一个的其他结果
x[4:5] #第4至5个
x[c(1,2,5)] #第1，2，5个

获得结果

> x[1]
[1] 0.4565827
> x[-1]
[1]  0.0398871  0.9193298  1.0669231 -1.2529013
> x[4:5]
[1]  1.066923 -1.252901
> x[c(1,2,5)]
[1]  0.4565827  0.0398871 -1.2529013

三、数据框（data frame）

*英文名字很重要，因为一开始根本不理解“框”&“frame“。

*目前有数据文件：huahua.txt

读取文件

a <- read.table('huahua.txt', sep = '\t', header = T) #通过read.table()读取huahua.txt文件，同时赋值给a，sep和header是参数，针对函数设置，可以用？函数详细了解，注意此处huahua.txt用了引号！

行名&列名

colnames(a) #列名~colnames英文单词
rownames(a) #行名，默认是1.2.3...的自然数
dim(a)#维度，即多少行多少列

结果

> colnames(a)
[1] "X1" "X2"
> rownames(a) 
[1] "1" "2" "3" "4" "5"
> dim(a)
[1] 5 2

数据框导出

write.table(a,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)

工作目录中出现yu.txt文件

yu.txt被导出至工作目录

变量保存和重新加载

重点，可以节约空间和时间，新知，此处引用老师原文

#这次没有处理完的数据下次想接着用怎么办?--学会保存和重新加载。保存的格式是RData。save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量 save(a,file="test.RData")#保存其中一个变量 load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令

导出的文件

元素提取

个人理解：由于相比于向量多了一个维度，所以提取的时候也多了一个维度

a[1,3] #提取第一行第三列元素
a[,3] #提取第3列元素
a[3] #同上
a$列名 #直接提取
a[c(1,3),2] #取第1行第二列和第3行第二列元素

【作业】

save(a,file="test.RData")，这句代码如果报错object a not found，是为什么，应该怎么解决？

1. 自行分析：'object a not foun‘，说明对象没有，即代码中的a对象没有，可能是代码copy来的没有更改保存对象，也有可能是a对象被清除，也有可能a对象在上一步代码中出现错误，没有及时发现。
2. 上网搜索：关键词:R语言 save()函数出现'object a not foun‘报错。（如果没有答案则翻译成英文搜索）

备忘录：来自花花和豆豆老师整理的新手常见问题

（1）R的规范赋值符号是<-，也可以用=代替 （2）在Console 控制台输入命令，相当于Linux的命令行

（3）R的代码都是带括号的，括号必须是英文的。 （4）显示工作路径 getwd()

（5）向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。

（6）表格在R语言中称为数据框^_^ （7）别只复制代码，要理解其中的命令、函数的意思。函数或者命令不会用时，除了百度/谷歌搜索以外，用这个命令查看帮助：?read.table，调出对应的帮助文档，翻到example部分研究一下。