Day-7 香波🐟

Day-7 测序原理介绍

今天是最后一天啦！7天的时间悄然就过去啦！希望能够坚持养成每天学习的好习惯，今天肝了一份研究方案，测序原理这一块看得不是很仔细，明天会抽时间再看一遍滴！

测序的基础知识

第一代测序——桑格尔-双脱氧链终止法是最为经典的一代测序技术，至今仍是测序行业的金标准。

第二代测序——第二代DNA测序技术(next generation sequencing，NGS )-循环阵列合成测序法。

第三代测序——以PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore Technologies 的纳米孔单分子测序技术为标志，不需要经过PCR扩增，超长读长，可达二代测序的100倍以上，实现了对每一条DNA分子的单独测序。错误率比二代要高，达到10-15%。

名词结构化

基因组学（核酸序列分析）

全基因组测序（WGS)

全外显子组测序（WES）

简化基因组测序（RRGS）

作用

基因组作图（遗传图谱、物理图谱、转录本图谱）

核苷酸序列分析

基因定位

基因功能分析

转录组学（基因表达分析）

mRNA-Seq

IncRNA-Seq（长链非编码RNA）

sRNA-Seq（主要是miRNA-Seq）

作用

获得物种或者组织的转录本信息

得到转录本上基因的相关信息，如基因结构功能等

发现新的基因

基因结构优化

发现可变剪切

发现基因融合

基因表达差异分析

蛋白质组学

蛋白质组数据处理、蛋白及其修饰鉴定

构建蛋白质数据库、相关软件的开发和应用

蛋白质结构功能预测

蛋白质连锁图

代谢组学

代谢物指纹分析

代谢轮廓分析

常用的数据格式

DNA序列表征

Fastq

一种基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的标准格式,一般都包含有4行。

第一行：由‘@’开始，后面跟着序列ID和可选的描述，序列ID是唯一的；

第二行：碱基序列；

第三行：由‘+’开始，后面是序列的描述信息；

第四行：第二行序列的质量评价(quality value)。

Fasta

以“>”为开头，fasta格式标志。

序列ID号，gi号，NCBI数据库的标识符，具有唯一性。格式为：gi|gi号|来源标志|序列标志（接收号、名称等），若某项缺失可以留空，“|”保留。

序列描述。

碱基序列，序列中允许空格、换行、空行，一般一行60个。

GenBank

以LOCUS和一些注释行开始，序列的开头以“ORIGIN”标记，末尾以“//”标记。

EMBL

以标识符行（ID）开头，后面跟着更多注释行。序列的开头以“SQ”开头标记，序末尾以“//”标记。

附上思维导图嘿嘿