生信马拉松 Day1

模块一 R和Rstudio

Q1.R语言

R语言包括 数据+函数 两个部分，学习R语言本质上是学习用函数处理数据的过程

这个过程分为两步：

1. 需要用什么函数/R包
2. 把数据处理成什么格式传输给函数/R包，数据整理的过程是相对较难且体现学习R必要性的部分，虽然excel等常规工具也能对数据格式进行处理，但可能出现错误，例如把基因名自动更改为日期

除了数据处理外，R的作用还体现在 统计分析+可视化，这些功能都是通过现成的函数或者修改现成函数来完成

R的优点

开源+可扩展（指通过新的R包实现新的功能）+简单有效（比其他语言简单，相比网页工具可以批量完成对大量数据的操作）

Q2：什么是R studio

集成开发环境（其中左下角的控制台就是从R中继承而来，其他部分是 R studio特有的）+ 图形界面+ 开源免费

模块2 Rproject

需要注意的点：

1. Rproject的文件名不要用中文或者包含‘-’号
2. 新版本可能出现python报错

Error in if (file.exeists(pythonPath)) return (pythonPath):

argument is of length zero

应对：1.忽略2.装python但不用 3.设置选项在tools-global options里把python的对勾去掉

3. 字号设置，在global options里，appearence-editor font size

4. 与R“交互”（交互式会话，session）

R的运行逻辑是：用户——发送命令，R——执行并返回结果（有错报错，没错返回结果）

（1）控制台窗口（适合临时使用）

可以直接输入命令，控制台会显示命令的结果，但session关闭时会清空

?+函数名称 可以查看函数的含义

或者输入数据去猜

R语言里的函数特征：括号前面的就是函数名（函数的名称是别人规定好的，只能使用不能篡改，或者自己有能力撰写函数，自定义函数的名称就是可修改的）

（2）脚本编辑器

有三种运行方式：

a. 在一行的任意位置点击Run，此时为逐行运行

b. 选中连续几行点击Run，此时为选中运行

c. 快捷键：command+enter（Mac），control+enter（windows）

输入“#”，可以在“#”后面添加注释

5. Rproject 是脚本、图片、文件的默认保存位置，也是文件读取的默认位置（这个文件夹也叫工作目录，working directory，简称wd）

因此，只要有一个.Rproj文件，可以将这个文件复制到任何一个文件夹里，打开之后默认工作目录就会在相应的文件夹中

模块3 R语言的报错

1.报错：Error

处理：检查命令，检查环境，修正后重新运行

2.警告：Warning

可以忽略，后面如果有报错或者意外结果再检查

3.“没反应”，出现“>”，表示已运行完成

4.运行卡住时，中止（点击红色键）或重启session，如果卡太死就用任务管理器（活动监视器）结束进程，还不行就重启电脑

5.出现“+”，表示命令不完整

处理：补全或者按ESC键退出

6.出现红色提示信息

处理：检查是否有Error，没有就可以忽略

7.进一步选择update all/some/none?

处理：需要输入a/s/n，然后回车；输入其他回答会一直问，不能继续运行

模块4 数据类型

在R的数据框中，列名和行名不属于表格的正式内容

数据类型：

1.字母+数字/字母，字符型，character，需要用单引号或者双引号，前后需相同

2.单纯的数字，数值型，numeric，纯数字不需要任何说明和修饰

3.逻辑型，TRUE/T，FALSE/F，不支持小写；不正常取值NA（数值和字符也可以出现NA，代表存在但未知的值）

判断数据类型的函数：class()，将要判断的内容写在括号里

常见报错

1.对象没有增加引号

2.拼写错误

3.中文模式输入的符号

unexpected是代码错误的关键词

其他：

1. R中可以使用Tab键补齐函数

2. 控制台可以通过方向键，使上句代码处于可编辑的状态

3. 脚本打开是乱码的解决方案：File-reopen with ecoding，UTF-8或者GB2312

逻辑型数据往往是数据处理运行的结果

1.比较运输的结果是逻辑值

>,<,<=,>=,==,!=

2.逻辑运算 多个逻辑条件连接

与&、或|

3.否定，非！

例!(4>5)

数据类型的判断和转化

is族函数，判断，返回值为TRUE或FALSE

is.numeric()是否数值型数据

is.logical()是否逻辑型数据

is.character()是否字符型数据

as族函数实现数据类型之间的转化（但是要可塑之才，例如数字变成字符，或者本体是数字的字符）

as.numeric()将其他数据类型转换为数值型

as.logical()将其他数据类型转换为逻辑型

as.character()将其他数据类型转换为字符型

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