2023-11(数据挖掘马拉松)答疑汇编

下面是优秀实习生的整理和分享

1发文章，想看看差异基因再用基因做一些其他分析，我看有的老师说下调基因好像意义不大，所以想问问群里老师 看看怎么搞适合？

关心什么结果，是要结合自己的课题/实验设计，生物学背景，研究方向等等，更多的是和导师交流，参考一下相关文献等等。

2老师，打开Rstudio找不到R怎么办？

你先要安装R语言，安装在C盘，Rstudio也在C盘。

3有没有朋友帮我看看这个为什么错了呀？

str一下b，chr意思是字符向量，要求的是数值向量。简单的R代码调试，其实靠head，str，help函数即可。所以我从强调初学者应该是要至少把这3个函数敲1000遍以上。

4想问这个问题怎么解决，我在新建的或者老师提供的project里面输入都会出现这个提醒？

重启。

5班班中午好，我在看licRNA预测miRNA的代码，文件夹中直接给了一个名为《'mircode_highconsfamilies.txt.gz'》的压缩文件;想请问一下这个文件的下载网站呢？

这个东西已经过时三年了，不要再看了。

6老师，我遇到个问题就是HPO.db本地安装不上。

你需要管理员权限，删除之前安装的，从头重新装。

7想请问一下老师，这个热图是将与FAP相关的50个基因调出来做的处理组与对照组的热图吗？因为原文里也没写横坐标是什么，谢谢老师。

你看看上下文，了解一下图例里的high和low是什么。他将处理组又按照了FAP表达量将之分成了高表达组与低表达组。所以我想复现这个图的话需要先把表达矩阵中的处理组分离出来，按照FAP的表达量中位值分成高表达组和低表达组。然后做这两个组中与FAP表达相关的50个基因的表达差异的热图。

8老师您好，我运行单细胞数据代码162行的时候出现了这个报错，重新装了matrix，也重新运行的装seurat的R脚本，还是没解决，求助，谢谢。

需要重装irlba包install.packages（'irlba'， type='source'）。

9老师，我在做差异分析的时候出现了图示报错，搜索必应后看得晕晕的，不知道该如何解决？

你是89个样品，但是只有45个样品有临床信息吗？要把信息补齐。