BioKit！让你用Python也可以轻松绘制矩阵热力图...

前言

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BioKit-Python相关性矩阵热力图绘制工具

在前两篇推文中，我们介绍了使用R语言中ggcorplot相关性矩阵热力图绘制和corrplot！花样更多的出版级相关性矩阵热力图绘制。这期推文我们介绍下Python语言中绘制相关性矩阵热力图的工具包-「BioKit」

• 「BioKit包介绍」

BioKit包是一套专门用于生物信息学、数据可视化 (biokit.viz)的Python拓展工具，它包含与数据分析相关的更高级工具（例如biokit.stats）。 我们主要介绍其可视化功能。

1. BioKit包安装：

pip install biokit
#or
conda install biokit

• 「BioKit」包相关性矩阵热力图绘制：

1. BioKit包主要使用其可视化模块biokit.viz中的corrplot() 函数进行绘制。
2. 可通过设置参数method为不同值来进行方块（square）、圆形（circle）、椭圆（ellipse）、饼图（pie）等不同样式的色块的绘制，分别或同时设置参数 upper 和 lower 为不同值来进行上、下三角样式或上下组合类型相关性矩阵热力图的绘制。
3. 其他诸如 fontsize、rotation 和 shrink 等参数则分别控制字体大小、文本标签角度和 colorbar 大小比例等。
4. 此外，由于该库绘制的结果为 Matplotlib的axes对象，因此其画布和图的保存也可以常规 Matplotlib 文件保存方法进行。

import pandas as pd
import numpy as np
df = pd.DataFrame(dict(( (k, np.random.random(10)+ord(k)-65) for k in letters)))
df = df.corr()

# if the input is not a square matrix or indices do not match
# column names, correlation is computed on the fly
from biokit.viz import corrplot
c = corrplot.Corrplot(df)

c.plot(colorbar=False, method='square', shrink=.9 ,rotation=45)

椭圆形样式

饼图样式

三角样式

组合样式