生信马拉松 Day6
原创
今天的主要内容是绘图，包含ggplot2、ggpurb和patchwork
开头一个小tips：在运行R project时，界面上最好每次只有一个脚本，否则不同脚本之间流程、变量容易混乱
1.强悍的ggplot2
library(ggplot2) #画图第一步，包加载到位ggplot2作图最基本的要求：给出作图数据+横纵坐标
# 基本模板
ggplot(data=<DATA>)+
<GEOM-FUNCTION>(mapping=aes<MAPPINGS>)
#示例
ggplot(data = iris)+
geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,
y = Petal.Length))
注意：ggplot2的特殊语法：列名不带引号，画同一个图片的两个函数之间用“+”连接
1.属性设置（颜色、大小、透明度、点的形状，线型等）
方法1：手动设置，注意需要把实际参数设置为有意义的值
颜色：代表颜色的字符串如“#F8E6FF”，或"blue"、"red"等表示颜色的英文字符串
大小：单位默认是mm
形状：用1~20的数字变化表示
ggplot(data = iris) +
geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,
y = Petal.Length),
color = "blue")
#这里手动改了颜色，注意位置是geom_point()的参数
ggplot(data = iris) +
geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length),
size = 5, # 点的大小5mm
alpha = 0.5, # 透明度 50%
shape = 8) # 点的形状
方法2：映射，即按照数据框的某一列来定义图的某个属性（没有时就自己去构成一列）
ggplot(data = iris)+
geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,
y = Petal.Length,
color = Species))
映射和手动设置的对比：
1.映射中color是aes()的参数，是作图数据中的某个列的列名，代表根据这一列的内容分配颜色，不加引号
2.手动设置颜色是geom_xxx()的参数，只能是颜色有关的字符串，且需要加引号
如何自行指定映射的具体颜色
ggplot(data = iris)+
geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,
y = Petal.Length,
color = Species))+
scale_color_manual(values = c("blue","grey","red"))
注意必须是映射，且scale_color_manual给的颜色数量需要和前文aes()中的color=species中的内容匹配出来
如果没有写映射，那么scale_color_manual代码将不会执行，但也不会报warning或error，但是代码不报错，不代表真的没错，图片有歧义也是一种错误
相应的shape_manual以及fill_manual都需要在aes()里写上对应的映射，也有对应的scale_shape_manual和scale_fill_manual函数来调整映射的对象
类似的调色功能用RcolorBrewer实现时代码为：
ggplot(data = iris)+
geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,
y = Petal.Length,
color = Species))+
scale_color_brewer(palette = 'Set1')
区分color和fill两个属性
空心形状和实心形状都用color设置颜色
ggplot(data = iris)+
geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,
y = Petal.Length,
color = Species),
shape = 17) #17号，实心的例子
ggplot(data = iris)+
geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,
y = Petal.Length,
color = Species),
shape = 2) #2号，空心的例子
既有边框又有内心的，才需要color和fill两个参数
ggplot(data = iris)+
geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,
y = Petal.Length),
shape = 24,
color='red',
fill='yellow') #手动设置fill和color
2.几何对象
一个geom_xxx()函数画出来的所有东西就得到一个几何对象，也就是一个图层，多个几何对象可以叠加，先写的函数在最底层
局部设置和全局设置
ggplot(data = iris) +
geom_smooth(mapping = aes(x = Sepal.Length,
y = Petal.Length))+
geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,
y = Petal.Length))
对于多个几何对象的情况，可以用如下方式简单写
ggplot(data = iris,mapping = aes(x = Sepal.Length,
y = Petal.Length))+
geom_smooth()+
geom_point()也就是相同的内容都写在ggplot()里，是全局设置，对所有图层有效
而对于仅写在geom_xxx()里的设置，是局部设置，仅对单个geom_xxx()的图层有效
3.抖动的点图，jitter()
ggplot(data = iris,mapping = aes(x = Species,
y = Sepal.Width,
fill = Species)) +
geom_boxplot()+
geom_point()
此时散点图的点都集中在一条线上，重复叠加在一起，不能看清实际的样本数
两种操作方法：在geom_xxx()中增加position = "jitter"的参数，或者选用geom_jitter()代替geom_point()函数
ggplot(data = iris,mapping = aes(x = Species,
y = Sepal.Width,
fill = Species)) +
geom_boxplot()+
#geom_point(position = "jitter")
geom_jitter()
4.坐标系
横纵轴替换的函数：coord_flip()
ggplot(data = iris,mapping = aes(x = Species,
y = Sepal.Width,
fill = Species)) +
geom_boxplot()+
geom_jitter()+
coord_flip()
5.主题
theme_xx()系列函数
ggplot(data = iris,mapping = aes(x = Species,
y = Sepal.Width,
fill = Species)) +
geom_boxplot()+
geom_jitter()+
theme_bw()#去掉灰格子的空白底
ggplot(data = iris,mapping = aes(x = Species,
y = Sepal.Width,
fill = Species)) +
geom_boxplot()+
geom_jitter()+
theme_classic()#经典全白底
2.ggpubr
这个包就是审美升级的ggplot2，ggpubr能干的调调参数ggplot2也能干
此外差异在于这个包的画图函数逻辑和base包更像，想调整啥就直接改绘图包的参数
library(ggpubr)
p = ggboxplot(iris, x = "Species", y = "Sepal.Length",
color = "Species", shape = "Species",add = "jitter")
p
下面展示的是一个特别适合ggpubr包作的箱线图的比较运算和加标记，ggplot2也能加，差别只是ggpurb的合适+好看
library(ggpubr)
p = ggboxplot(iris, x = "Species", y = "Sepal.Length",
color = "Species", shape = "Species",add = "jitter")
p
my_comparisons <- list( c("setosa", "versicolor"),
c("setosa", "virginica"),
c("versicolor", "virginica") )
p + stat_compare_means(comparisons = my_comparisons,
aes(label = after_stat(p.signif)))
3.代码出图
除了Plots的Export之外的图片保存方法
但是存的时候都是按照Plots画板展示的比例存哦~
方法1：ggplot系列通用ggsave保存（当然也包括ggpurb）
已经在右下角画板里展示的的，就ggsave('文件名')，注意要写上文件名后缀，如jpeg、png等
右下角画板没有的，可以ggsave(p,filename = "iris_box_ggpubr.png"):
方法2：三段论
1.保存的函数及文件名，如pdf('test.pdf')、jpeg('test.jpeg')，注意文件的后缀名和函数必须一致
2.写作图代码，注意基础包画图，不同的函数连接不需要加“+”
3.dev.off()
方法3：eoffice包
可以导出为ppt格式，打开相应的ppt时可右键取消组合，就可以对各个元素进行修改
注意：
1.超多点的图或超多行列的热图不适用，ppt会卡掉
2.导出R语言之后的操作无法用代码复现，因此修改的细节一旦需要回炉工作量巨大
今日TIPS——代码可运行却不出图的解决方法
往往是因为画板被占用
1.dev.off()——关闭画板
多次运行dev.off()，到null device，或报错（说明画板已经关上）
2.采用dev.new()新建画板，抛弃原来的画板
3.重启R studio
总之到重新运行代码能出图
今日宝藏R package分享
1.好看的配色R包：RcolorBrewer以及paletter
2.方便的拼图R包：patchwork
最后一个无聊的分享
library(ggplot2)
ggplot(data = iris,mapping = aes(x=Species,y=Sepal.Width))+
geom_violin(aes(fill=Species),color='yellow')+
geom_boxplot(color='green')+
geom_jitter(aes(shape=Species,color=Species))+
coord_flip()+
theme_bw()+
scale_fill_manual(values = c('#C4B4F5','#F8E6FF','#E5B8CD'))+
scale_shape_manual(values = c(1,3,5))
原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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