Day3 呦呦鹿鸣-linux环境下安装软件

linux环境下如何安装软件

一、conda--“linux的应用商店”

最方便快捷的软件下载器；日常生信使用小而精的Miniconda即可

二、服务器下载conda

复制链接：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

登陆服务器，进入biosoft目录 cd ~/biosoft

Win:粘贴：鼠标左键~复制；鼠标右键~粘贴(在弹出菜单选择？)

三、安装和配置miniconda

运行 ：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

按q跳过版权信息,按q不动的地方按回车，问题就回答一个yes，按回车.

激活 source ~/.bashrc

输入conda，出现满屏信息说明成功

四、查看已安装的软件、安装、卸载（生信需要的）软件

1. 查看当前服务器上安装的所有软件列表**conda list**

2.安装软件 conda install fastqc -y

这里卡了很久，遇到了conda Collecting package metadata (repodata.json)卡住或 failed问题，问了@花花老师发现教程中conda换源的操作跳过了。

换源之后还有这个问题，发现网速慢也是一个原因……重启换网后，1min左右后安装成功。

3.确认fastqc软件是否安装成功:输入**fastqc --help**，出现一大片文字