day3-乙醇-linux环境下的软件安装
原创day3-乙醇-linux环境下的软件安装
原创
用户10917298
修改于 2024-01-17 21:24:28
修改于 2024-01-17 21:24:28
linux环境下的软件安装
1、conda是什么？
作用就相当于App store，miniconda是conda的精华版，足够日常生信使用
2、下载miniconda到服务器上
- 百度搜索“miniconda 清华”,进入
进入上图的网址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
- 直接ctrl+F,输入latest，找到以下最新版本，安装linux 64位的那个，右键复制下载链接
- 登陆lunix服务器，新建biosoft目录
cd ~/biosoftwget 刚才复制的miniconda下载链接记住这里的粘贴不是ctrl+c和ctrl+V了，选中，鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴
3、安装和配置miniconda
运行
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 按指示一步步来，遇到yes/no就输入yes,然后按回车
看到这句话代表安装成功~
- 激活
source ~/.bashrcconda- 添加镜像： 目的：可以加快下载速度 怎么添加：复制以下代码到命令行，粘贴、回车
# 使用北外的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes像下图这样
4、使用miniconda
- 查看当前服务器上安装的所有软件列表
conda list如下图所示
- 安装软件
conda install fastqc -y
ps：我觉得这个安装需要一点点时间，不是一下子就好了，当它停止于下图红色框框那行字时，不必管它
那个红色下划线的^H^H^H就是我看到红色框框的代码后以为它安装好了就按了回车键，就到了下一行，我想回去上一行的位置，按了删除键，发现不但回不去还出现了^H的东东。花花老师说：^H这个是无法删除的，也无法回到上一行，那不是代码，回去也编辑不了，所以回不去。它那个时候还没有安装完成，不要管它，不要心急去输入下一步
这张图显示一共369.5M更像是安装完成，如果不放心，可以再检验一下
- 检验fastqc软件是否安装成功
输入
fastqc --help如果出现一大片文字，这是软件的帮助文档。因为只有安装成功的软件才能看到帮助文档，所以出现了这篇帮助文档，就可以确定已经安装成功。
原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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