day3-啦啦啦-linux的安装商店———miniconda

生信星球学习笔记

基于阿里云服务器召唤出Linux后，接下来我们需要给Linux上装备，本节主要介绍，如何在Linux中安装软件

Linux如何安装软件

conda 类似应用商店,需先把conda配置上，再在“应用商店”中安装软件

我们主要用的是miniconda

如何安装miniconda

先搜索资源

百度或谷歌搜索“miniconda清华”

找到Linux X64最新的miniconda，复制链接

通过Linux下载miniconda

cd biosoft -- 打开biosoft

wget 下载链接

注：wget 是Linux的下载命令

此时得到的是sh 后缀的脚本，类似安装程序，需要继续安装

卡在这里

尝试输入 source ~/.bashrc

出现 yes/no--yes

安装成功后，仍需激活source ~/.bashrc

之后选择镜像

使用北外的镜像

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --set show_channel_urls yes

miniconda 搞定

miniconda 下载fastqc

conda install fastqc -y

此处安装需要时间，绿方块前面有转圈的绿线，说明在安装，不要着急，等一会就安好了，不要手欠乱输入；要不然就是下面这样

下图提示安装成功

fastqc --help 查看是否安装成功