生信学习day3

一、conda--“linux的应用商店”

1.软件管理Miniconda，相当于App store，最方便快捷的软件下载器

知识星球 conda是大Boss，最初为管理python包而建立，它是一个大的涵盖许多领域的软件包管理器。 anaconda是总管，职务比conda低，但干的活不少，也是个有内涵的家伙 miniconda是区域经理，说白了就是干事的，而且比较专一，主要负责生信领域

CONDA MINI CONDA 以及 ANACONDA的关系

二、如何下载软件

1.创建biosoft（mkdir biosoft），然后进入biosoft（cd biosoft）

2.从某链接下载软件：wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

生信星球：sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本。 chatgpt:wget 是一个命令行工具，它用于从网络上下载文件。全称是 "Web Get"。它支持通过HTTP、HTTPS和FTP协议下载文件。wget 非常强大，可以通过各种方式来下载文件，包括在后台下载、断点续传、批量下载等。

然后出现这个界面：

正在安装界面

3.下载完成后，运行 ：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh,然后开始安装过程

图源生信星球！按q跳过它们,按q不动的地方按回车，看到问问题，就回答一个yes，按回车，注意别按太快

安装成功

4.激活：source ~/.bashrc（注意空格）

生信星球：激活不成功就将miniconda这个目录删除，rm miniconda

证明miniconda是个文件！！

5.添加镜像：从镜像网站下载，可以加快下载速度。

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

生信星球

三、开始使用conda

1.查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list

2.安装软件 conda install fastqc -y或conda install fastqc=0.11.7 -y

等红框加载完才能点，要不然乱码！！！！！

成功的页面!!!!

3.确认fastqc软件是否安装成功 fastqc --help

注意：在安装软件的时候一定等彻底安装好再下一步，要不然会出现乱码！！！