day6-乙醇-学习R包

学生信为啥要学R语言：R语言拥有丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。

如何安装和加载R包

1. 配置镜像：我猜这样下载R包会更快

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) # CRAN的清华镜像源

options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") # Bioconductor的中科大镜像源

1. 安装R包

R包安装命令是install.packages(“R包名”)

或BiocManager::install(“R包名”)

取决于要安装的包存在于CRAN网站还是Biocductor

加载R包

用library(“R包名”)加载R包，记得先有安装了，才可以加载使用。

dplyr包的学习

五个基本函数

• 首先构建一个储存数据的变量 test
  
• mutate() 用于新增一列数据

• select(),按列筛选
• 按列号筛选

筛选第一列、筛选第一和第五列

1. 按列名筛选
   

   vars <- c("Petal.Length", "Petal.Width") select(test, one_of(vars)) 对 test 数据框进行列选择操作，从中选取了包含在 vars 向量中的列，即 "Petal.Length" 和 "Petal.Width" 两列。其中 one_of() 函数用于匹配数据框中的列名，该函数可以接受一个或多个字符串向量作为参数，返回包含了与这些字符串向量匹配的列名的逻辑向量。实现了从 test 数据框中仅选取 "Petal.Length" 和 "Petal.Width" 两列作为新的数据框，并将结果赋值给一个新的数据框或覆盖原有的数据框。

这里报错是因为我没有注意大小写，sepal应该为Sepal，说明这里严格区分大小写

• filter()筛选行
  
• arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序
  
• arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序
  
• summarise()：汇总
  

  计算Sepal.Length的平均值和标准差
  

  先按照Species分组
  

  计算分组的Sepal.Length的平均值和标准差

dplyr两个实用技能

管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)

首先，通过 %>% 管道符将 test 数据框传递给 group_by() 函数，并按照 "Species" 列的不同取值将行进行分组。然后，再通过 %>% 管道符将分组后的数据框传递给 summarise() 函数，对每个分组计算 "Sepal.Length" 列的均值和标准差。结果是一个新的数据框（tibble），包含三列： "Species"（分组变量）、"mean(Sepal.Length)"（"Sepal.Length" 列的均值）和 "sd(Sepal.Length)"（"Sepal.Length" 列的标准差）。发现红色框框的结果有点子熟悉，因为与上面那段的代码本质上是相同的，只是使用了 %>% 管道符来简化代码。

count统计某列的unique值

dplyr处理关系数据

这儿有2个表，test1和test2

• 內连inner_join,取交集
  

  表示对于两个数据框中 "x" 列相同的行，将它们合并到一起。
• 左连left_join
  

  表示对于两个数据框中 "x" 列相同的行，将它们合并到一起。左连接的结果包含左侧数据框（test1）中的所有行以及右侧数据框（test2）中与之匹配的行，如果在右侧数据框中没有与左侧数据框匹配的行，则该行会被填充为缺失值。
• 全连full_join
  
• 半连接：semi_join
  

  表示对于两个数据框中 "x" 列相同的行，只保留左侧数据框（test1）中的行，并且去除右侧数据框（test2）中没有与之匹配的行。
• 反连接：anti_join
  

  返回无法与y表匹配的x表的所记录
• 简单合并：相当于base包里的cbind()函数和rbind()函数;注意，bind_rows()函数需要两个表格列数相同，而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同的行数。
  

  这儿有三个表格
  

  bind_rows()函数和bind_cols()函数

最最后，这里表示还有一个额外变量，怎么才能显示出来呢？

自问自答：这里是因为控制台面积太小了，把它拉大，然后重新运行代码就可以了~