如果你想切换共享服务器的R包Seurat5到Seurat4
1前言
众所周知我们一直有一个共享服务器的产品，详见：生物信息学江湖的开创性产品-共享服务器 。目前已经给大多数共享服务器的公共R包库中的seurat4升级到了seurat5。而且我们也写了一些seurat5相关的使用教程，见：
其实只需要在seurat4流程上面读入数据的时候改几处就可以运行了。但是有用户反馈说已有的流程是seurat4的，还是想用seurat4。那么如何解决呢？
2解决办法
我们先登录网页版Rstudio
用.libPaths()函数查看一下我们目前载入R包的路径
最初Rb包路径
其中第一个是自己家目录下的（拥有读写权限），第二三个是服务器公共的，普通用户是没有 写 权限的。而我们日常调用的Seurat5就装在第二个路径下，因此我们可以把.libPaths() 中的2的路径删掉，不使用服务器提供的公共R包库/home/data/refdir/Rlib 。
用Rstudio的terminal或者XShell或者其他的终端登录我们的服务器，按个人习惯来（不管哪个终端都是一样的)
ll -a #查看所有文件（包括隐藏文件），看有没有.Rprofile配置文件
#如果没有就touch一个
touch .Rprofile
#然后创建我们家目录下安装自己R包的文件夹
#回到家目录
cd
#在家目录下创建R_library文件夹
mkdir ./R_library
#列出家目录下所有文件
ls
#自己的家目录的绝对路径
pwd
#我的是/home/data/t230459
然后用vim编辑器编辑.Rprofile 文件至如下：
vim .Rprofile
#i是进入编辑，esc退出编辑，:wq然后敲回车是保存！
删掉 /home/data/refdir/Rlib 路径就不会载入服务器上公用的 Seurat5，但是这样设置之后，一堆包也不会载进来，所以下面需要自己配置 Seurat4和其依赖的环境
注意，修改路径这里我把自己的默认路径：
/home/data/t230459/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.3根据个人喜好，修改为了/home/data/t230459/R_library。其实这个是可以不用修改的，默认路径就可以，只要你知道自己的R包装在了哪里。
这时候在R中敲.libPaths()还是原先的R包路径，点击session Restar R重启R
然后就是我们更改后的.libPaths了
我们下载的包会默认装在第一个路径下面，
我们先下载 Seurat5，让它帮我们把所有依赖的包装完之后卸磨杀驴，卸载 Seurat5 然后再安装 Seurat4 。
#用清华镜像，如果清华镜像不好用可以换北外或者阿里云镜像
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
install.packages('Seurat') # 默认安装的V5版
remove.packages(c("Seurat","SeuratObject"))
install.packages('Seurat', repos = c('https://satijalab.r-universe.dev')) #指定版本安装
这样就完成了，其实4升5也是同理的。
腾讯云开发者
