Day3-江旭（2024年1月31日）学习笔记

linux环境下的软件安装

conda-"linux的应用商店"

miniconda=conda+python+base packages

一、将miniconda下载到服务器上：

百度/谷歌搜索“miniconda 清华”

进入：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

安装64位最新版本x86_64（latest）

右键复制下载链接

登陆服务器，进入biosoft目录

cd ~/biosoft

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

注意：①Windows系统下复制粘贴分别是左右键，不是ctrl+c/v；②sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载，还可以用

二、安装miniconda：

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

按enter不要按q(我打错了qwq)

回答yes

按enter，回答yes

安装完成！

安装过程中会出现很多的版权信息，按q跳过,按q不动的地方按回车，看到问题就回答yes+回车，注意别按太快，没回答yes就会失败

三、激活miniconda

source ~/.bashrc

conda输入后出现满屏的信息说明成功了

附：安装视频链接：https://share.weiyun.com/5J82l9g，密码：iwcd4k

四、添加conda镜像

镜像网站相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载可以加快下载速度

#使用北外的镜像

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

将上述代码全部复制到命令行，粘贴，回车

以为没成功就又粘贴了，结果就出现了warning，不过没关系，镜像安装成功就行

五、使用conda

1、查看当前服务器上安装的所有软件列表conda list

2、安装fastqc软件conda install fastqc -y-y是yes,安装过程中遇到问题全部回答yes

默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本，如果要指定版本号，可以用conda install fastqc=0.11.7 -y

安装过程这里要等一会儿

3、确认fastqc软件是否安装成功

输入fastqc --help，若出现一大片文字（软件的帮助文件），则说明安装成功

六、conda环境

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目，而每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的（比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本）解决办法就是分身，按照项目定制不同的分身，即安装不同的软件，互不干扰

这个分身就是不同的“conda environment”

1、查看当前的conda环境

conda info --envs 带*的就是当前激活的

2、创建新的conda环境

比如要处理转录组数据，先建立一个名叫rna-seq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的）

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

3、再次查看conda环境，发现多了一个rna-seq，但是默认还是base

4、激活新的conda环境

conda activate rna-seq这时默认的*就会转移到rna-seq前面，且用户名前面出现rna-seq

接着，输入fastqc，出现一大片信息（帮助文档）即说明可以使用了

5、退出当前环境conda deactivate

用户名前面再次变回base

学习感悟：

运行代码过程中特别害怕报错，于是一个字母一个标点都很小心的看，速度也比较慢，途中出现和花花老师课程中显示不一样的地方，碰到了半天没出来需要等待的地方，但所幸还是克服了困难，坚持下来了，今天是生信第三天，生信小白起步比较慢，再加上之前对生信的畏难情绪，觉得自己做不下来，但现在有了花花老师的系统指导和耐心解答，每天学习进步一点点，有了很强烈的成就感和战胜欲，虽然这几天每天都是在下班之后（晚上）完成任务，但抱着克服困难的探索精神去学习，反而不会疲惫而是很快乐，希望自己继续打怪升级，早日实现目标（虽然还没有具体目标hh，但核心目的就是希望生信分析能给我的科研帮点忙，这样就很满意了~）