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社区首页 >专栏 >Day3-江旭(2024年1月31日)学习笔记

Day3-江旭(2024年1月31日)学习笔记

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用户10954357
修改2024-01-31 22:26:47
1400
修改2024-01-31 22:26:47

linux环境下的软件安装

conda-"linux的应用商店"

miniconda=conda+python+base packages

一、将miniconda下载到服务器上:

百度/谷歌搜索“miniconda 清华”

进入:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

安装64位最新版本x86_64(latest)

右键复制下载链接

登陆服务器,进入biosoft目录

cd ~/biosoft

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

注意:①Windows系统下复制粘贴分别是左右键,不是ctrl+c/v;②sh是脚本(就是一个程序,后台的代码)文件的后缀,也就是说其实这是一个下载的脚本,如果你安装失败了,这个脚本是不需要重新下载,还可以用

二、安装miniconda:

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

按enter不要按q(我打错了qwq)
按enter不要按q(我打错了qwq)
回答yes
回答yes
按enter,回答yes
按enter,回答yes
安装完成!
安装完成!

安装过程中会出现很多的版权信息,按q跳过,按q不动的地方按回车,看到问题就回答yes+回车,注意别按太快,没回答yes就会失败

三、激活miniconda

source ~/.bashrc

conda输入后出现满屏的信息说明成功了

附:安装视频链接:https://share.weiyun.com/5J82l9g,密码:iwcd4k

四、添加conda镜像

镜像网站相当于主网站的副本,conda在国外,我们在国内下载软件速度会很慢,因此配置镜像,从镜像网站下载可以加快下载速度

#使用北外的镜像

代码语言:javascript
复制
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

将上述代码全部复制到命令行,粘贴,回车

以为没成功就又粘贴了,结果就出现了warning,不过没关系,镜像安装成功就行
以为没成功就又粘贴了,结果就出现了warning,不过没关系,镜像安装成功就行

五、使用conda

1、查看当前服务器上安装的所有软件列表conda list

2、安装fastqc软件conda install fastqc -y-y是yes,安装过程中遇到问题全部回答yes

默认安装最新版本,但是有的软件新版本bug比较多,可能需要用到老版本,如果要指定版本号,可以用conda install fastqc=0.11.7 -y

安装过程这里要等一会儿
安装过程这里要等一会儿

3、确认fastqc软件是否安装成功

输入fastqc --help,若出现一大片文字(软件的帮助文件),则说明安装成功

六、conda环境

生信实战中,需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目,而每一个项目都需要不同的软件,另外软件之间的结合也是需要版本要求的(比如A项目你需要用a软件V 1.0版本,但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本)解决办法就是分身,按照项目定制不同的分身,即安装不同的软件,互不干扰

这个分身就是不同的“conda environment”

1、查看当前的conda环境

conda info --envs 带*的就是当前激活的

2、创建新的conda环境

比如要处理转录组数据,先建立一个名叫rna-seq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic(这两个可以一步完成)(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的)

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

3、再次查看conda环境,发现多了一个rna-seq,但是默认还是base

4、激活新的conda环境

conda activate rna-seq这时默认的*就会转移到rna-seq前面,且用户名前面出现rna-seq

接着,输入fastqc,出现一大片信息(帮助文档)即说明可以使用了

5、退出当前环境conda deactivate

用户名前面再次变回base
用户名前面再次变回base

学习感悟:

运行代码过程中特别害怕报错,于是一个字母一个标点都很小心的看,速度也比较慢,途中出现和花花老师课程中显示不一样的地方,碰到了半天没出来需要等待的地方,但所幸还是克服了困难,坚持下来了,今天是生信第三天,生信小白起步比较慢,再加上之前对生信的畏难情绪,觉得自己做不下来,但现在有了花花老师的系统指导和耐心解答,每天学习进步一点点,有了很强烈的成就感和战胜欲,虽然这几天每天都是在下班之后(晚上)完成任务,但抱着克服困难的探索精神去学习,反而不会疲惫而是很快乐,希望自己继续打怪升级,早日实现目标(虽然还没有具体目标hh,但核心目的就是希望生信分析能给我的科研帮点忙,这样就很满意了~)

原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

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  • linux环境下的软件安装
    • 一、将miniconda下载到服务器上:
      • 二、安装miniconda:
        • 三、激活miniconda
          • 四、添加conda镜像
            • #使用北外的镜像
          • 五、使用conda
            • 六、conda环境
            • 学习感悟:
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