我们的《标记基因》专辑目前主要是介绍了肿瘤相关单细胞转录组的第一层次降维聚类分群后的细分亚群:
其中上皮细胞我们介绍了不同器官:
免疫细胞呢,主要是包括淋巴系(T,B,NK细胞)和髓系(单核,树突,巨噬,粒细胞)的两大类作为第二次细分亚群,但是目前我们才介绍到:
stromal 里面的fibo 和endo,我们就介绍了内皮细胞细分亚群,其实还有周细胞和平滑肌细胞,我们后期再慢慢补充。
现在可以稍微换一下话题,不能是一直在肿瘤的一亩三分地做知识点整理,接下来我们准备试试看精子发育,视网膜相关,以及内分泌器官胰岛的细分单细胞亚群。
让我们从内分泌器官胰岛的细分单细胞亚群开始吧,首先我们让chatGPT帮我们回忆一下内分泌器官的概念啦,它是指能够产生和分泌激素(内分泌物质)的器官,这些激素通过血液传递到体内其他部位,对生理活动产生调节和控制作用。内分泌器官广泛分布在人体各个系统中。以下是一些主要的内分泌器官:
再让chatGPT告诉我们 胰岛(胰腺的内分泌器官)中的两种主要类型的内分泌细胞:
这些内分泌细胞在胰岛中的分布并非均匀的,而是形成了特定的结构,使得它们能够协调地调节血糖水平和其他代谢过程。研究人员通过单细胞技术等先进技术,能够更深入地了解每一种内分泌细胞的亚群和功能特性。
是Schmidt et al. BMC Genomics (2024) 的文章:《Comparative and integrative single cell analysis reveals new insights into the transcriptional immaturity of stem cell-derived β cells》,里面整理了4种不同来源的单细胞转录组数据集,包括:
如下所示的降维聚类分群,13个单细胞数据集整合,但是 clusters expressing high levels of chro- mogranin A (CHGA) were isolated as probable endocrine cell types
所以最后是 128,204 total pancreatic islet cells to 60,197 CHGA + pancreatic islet cells ,如下所示;
13个单细胞数据集整合
六万多的内分泌细胞是很容易整合在一起的,可以看到没有数据集偏差,而且每个单细胞亚群的标记基因的特异性都非常棒,如下所示:
单细胞亚群的标记基因的特异性都非常棒
可以看到上面的10个内分泌单细胞亚群并不都是在 adult islets,主要是 β, α, PP, δ, ε, and proliferating endocrine,它们各自的代表性基因分别是 INS, GCG, SST, PPY, and GHRL,如下所示:
各自的代表性基因
胰岛内分泌器官与胰腺癌之间的确切关系尚未完全明确,许多因素可能影响胰腺癌的发生,包括遗传、环境、生活方式等。科学界仍在努力深入了解这一关系,并寻找更准确的分子机制以及相关的治疗方法。一些科学假说可能涉及以下几个方面:
后面我们再整理精子发育和视网膜相关的单细胞亚群,希望对大家有帮助!