Python在生物信息学中的应用：捕获所有异常

如何捕获代码中出现的所有异常？

解决方案

要捕获所有异常，可以为 Exception 类编写一个异常处理程序，例如：

try:
   ...
except Exception as e:
   ...
   log('Reason:', e)       # Important!

除了 SystemExit、KeyboardInterrupt 和 GeneratorExit 之外，上述代码能够捕获所有的异常。如果还想要捕获这三个异常，将 Exception 改为 BaseException 即可。

讨论

有时候，我们很难知道程序会出现的所有可能的异常，这时候捕获所有异常就显得非常重要。当然这也是一种比较省事的做法。

但是当异常真的出现后，我们还是希望知道异常的类型是什么。那么对于异常的实际原因做日志记录或报告就非常必要了。可以考虑下面的一个示例：

def parse_int(s):
try:
    n = int(v)
except Exception:
    print("Couldn't parse")

试着运行上述代码，结果如下：

>>> parse_int('n/a')
Couldn't parse
>>> parse_int('42')
Couldn't parse
>>>

此时，你可能会感到非常困惑，为什么函数不能正常工作呢？假如我们把函数修改成以下形式：

def parse_int(s):
try:
    n = int(v)
except Exception as e:
    print("Couldn't parse")
    print('Reason:', e)

再次测试，这次错误原因被清楚地指出来了：

>>> parse_int('42')
Couldn't parse
Reason: global name 'v' is not defined
>>>

很明显，你应该尽量使用精确的异常类。但是，如果必须捕获所有异常，也应该确保提供高质量的诊断信息，或者将异常抛出去。

参考

• 《Python Cookbook》第三版
• http://python3-cookbook.readthedocs.org/zh_CN/latest/